El templo de madera de los Santos Apóstoles Pedro y Pablo en Novinki fue construido en 1560, en los años 1570, aunque originalmente fue erigido antes y no en el asentamiento de Novinki, sino en la zona entre la desembocadura del río Zolotukha y el edificio del Seminario Teológico de Vologda.

En 1772, en el lugar de la deteriorada iglesia de madera, se construyó un templo de piedra. Este edificio de una planta en estilo barroco recordaba a la iglesia fría de Vladímir. El campanario, compuesto de prismas cuadrangulares y octogonales, completaba armónicamente el conjunto arquitectónico. En la decoración de la iglesia aparecieron innovaciones: pilastras decorativas y marcos en zigzag sobre las ventanas. La iglesia tenía tres capillas: de Nicolás el Milagroso, de Pablo de Obnorsk y de Cornelio de Komelsky. La capilla de Pablo de Obnorsk fue probablemente consagrada en memoria de la iglesia de madera del pueblo de Kobyliino.

Cerca de la iglesia había una casa estatal para el clero. El templo era visitado no solo por los habitantes de Novinki, sino también por los pacientes del hospital provincial, hoy en día el hospital número 1. En 1871, se anexó a la iglesia una capilla hospitalaria en honor a la Icono de la Madre de Dios "Alegría de Todos los Afligidos".

El 6 de abril de 1930, el Consejo de la Ciudad de Vologda tomó la decisión de desmantelar las iglesias que no eran adecuadas para fines culturales. La comisión, compuesta por representantes de diversas agencias, decidió desmantelar también la iglesia de Pedro y Pablo. Sin embargo, los planes no se llevaron a cabo, pero el edificio perdió su remate y campanario. 11 campanas con un peso total de más de 115 pud fueron confiscadas y enviadas a la fundición.

En 1937, en la antigua iglesia se instaló una fábrica de mantequilla, y en la posguerra, un taller de pasta del panadería número 1. Después del incendio de 1990, cuando se derrumbaron las bóvedas del comedor, el edificio no se utilizó y se fue deteriorando gradualmente.

Por decreto del Presidente de la Federación Rusa, la iglesia de Pedro y Pablo, datada en el tercer cuarto del siglo XVIII, fue reconocida como un objeto de patrimonio cultural de importancia federal.

A finales de los años 90 comenzaron las conversaciones sobre la restauración de la iglesia cerca del hospital de la ciudad. A principios de los 2000, el templo fue anexado a la iglesia de la Intercesión en Kozlene, pero la comunidad no tenía fondos para la restauración. Los trabajos comenzaron en 2008 por iniciativa del empresario P.A. Vasev. En octubre, representantes de diversas organizaciones realizaron una jornada de limpieza del territorio. Antes de comenzar los trabajos, el rector de la iglesia de la Intercesión en Kozlene, Valery Burkov, realizó un moleben.

El proyecto de restauración, desarrollado por la arquitecta Elena Nikitina, fue aprobado por el Departamento de Cultura y el Consejo Diocesano. En los primeros tres años se restauró la capilla, se completó parcialmente el campanario y se hizo el encofrado para la bóveda sobre el comedor. Continúan los trabajos de restauración de la bóveda de ladrillo y el techo. En los próximos años se planea reanudar los servicios religiosos en la parte restaurada de la iglesia.