L'histoire de la paroisse commence en 2000, lorsque l'archimandrite Alexandre (Zarkeshev), supérieur de la cathédrale Saint-Nicolas à Téhéran, a commencé à visiter les Émirats Arabes Unis et à célébrer des offices orthodoxes réguliers pour la communauté russophone. En mai 2004, le métropolite de Smolensk et de Kaliningrad Kirill a convenu lors d'une rencontre avec le cheikh Sultan bin Muhammad al-Qasimi de la mise à disposition d'un terrain pour la construction d'une église orthodoxe russe. La paroisse de saint apôtre Philippe a été établie par décision du Saint-Synode le 27 décembre 2005.

La pose de la première pierre du complexe ecclésiastique a eu lieu le 9 septembre 2007. La construction a été financée par des dons de Yu. G. Sidorенко, qui est devenu le ktitor de l'église.

Le premier service dans l'église a eu lieu à Noël, le 7 janvier 2011, et le 2 juin, des croix dorées ont été installées sur les coupoles. Après l'installation de l'iconostase, l'ouverture de l'église orthodoxe russe a eu lieu le 13 août 2011 avec le premier service solennel.

Le complexe ecclésiastique a été construit selon le projet de l'architecte Yu. V. Kirs et comprend une église à cinq coupoles et un centre culturel et éducatif de trois étages, reliés par un passage couvert avec un clocher. L'architecture de l'église utilise des éléments de différentes écoles architecturales russes.

La fresque de l'église et de l'iconostase a été réalisée par les artistes Alexandre et Ekaterina Ivanov. Dans le dôme de l'église se trouve une fresque représentant le Sauveur bénissant. L'icône de l'église de saint apôtre Philippe a été peinte par l'épouse du ktitor, Elena Sidorенко.

En juin 2012, le centre culturel et éducatif a ouvert ses portes, où une galerie d'art a été créée. L'exposition comprend 23 tableaux d'artistes ukrainiens et russes contemporains sur des thèmes évangéliques et historiques de l'église. Le centre présente également une collection d'hologrammes artistiques de reliques chrétiennes et un livret « Reliques chrétiennes », offert par le patriarche en 2010.