L'église d'André Stratilate a été construite au plus tôt à la fin du XVIIe ou au début du XVIIIe siècle à l'emplacement de l'église Borisoglebskaya détruite, érigée en 1167 par le boyard Sotko Sytynich. En 1969, une tour d'escalier bien conservée de l'église Borisoglebskaya a été découverte à l'intérieur de l'église, menant aux galeries et au chœur.

À l'origine, à cet endroit, entre 1167 et 1173, un temple en pierre de Boris et Gleb a été construit, représentant un bâtiment majestueux avec trois absides et six piliers, ainsi qu'une tour d'escalier. Après l'incendie de 1405, qui a gravement endommagé l'église, un nouveau temple a été construit en 1441 sur l'ancienne fondation à l'initiative de l'archevêque Euphime II. La tour d'escalier a été démolie, et à sa place a été ajouté le chapelle d'André Stratilate. Le cathédrale Borisoglebskaya reconstruit au XVe siècle est représenté sur l'icône « Vision du sacristain Tarasiy » de la fin du XVIe siècle, décoré d'une fresque et de deux têtes, dont l'une symbolisait la chapelle d'André Stratilate. Sur le plan suédois de 1611, la chapelle d'André Stratilate est clairement visible du côté sud du bâtiment principal à coupole unique.

Lors de la capture de Novgorod par les Suédois au début du XVIIe siècle, la cathédrale a subi de graves dommages. En 1682, la cathédrale Borisoglebskaya s'est effondrée et a été démolie, tandis que la chapelle d'André Stratilate a été agrandie et transformée en église autonome. Le bâtiment moderne est le résultat de deux périodes de construction principales. Des murs de la partie ouest et le mur nord de l'extension est, construits en pierre de Volkhov, en coquillage et en brique, ont été conservés du XVe siècle. L'architecture du portail ouest avec une finition en arc et un décor est caractéristique de l'architecture novgorodienne du XVe siècle. Le mur est et une partie du mur sud, ainsi que les voûtes, ont été construits en brique au XVIIe siècle. Dans la première moitié du XIXe siècle, le temple a été reconstruit : un nouveau plafond a été installé dans la partie ouest, la toiture a été remplacée, une petite coupole et un clocher ont été ajoutés, et les fondations sous le mur nord ont été renforcées.

Pendant la Grande Guerre patriotique, l'église a été endommagée : la toiture a été abîmée, le plâtre s'est effrité, et les sols ont été démolis. En 1947, le bâtiment a été réparé. En 1969, sous la direction du professeur M.K. Karger, les fondations de la tour d'escalier du XIIe siècle ont été étudiées, découvrant une maçonnerie bien conservée du pilier central avec un escalier en colimaçon.

Dans les années 1970, l'état du monument s'est détérioré, des fissures sont apparues dans les murs. Sous la direction de l'architecte G.M. Shtender, des travaux de prévention des accidents ont été réalisés. Entre 2000 et 2003, la société « Desna » a effectué une restauration selon les projets d'O.N. Kovalenko et L.G. Markova. Les structures porteuses du bâtiment ont été renforcées, et le sol de la partie ouest a été pavé de dalles de calcaire pour souligner la forme de la base de la tour d'escalier. Sous la direction d'E.I. Seregina, des artistes et restaurateurs de Moscou ont révélé et renforcé la peinture murale des XVIe et XVIIe siècles à l'intérieur du temple.