Die Kirche des Andreas Stratilates wurde nicht vor Ende des 17. oder Anfang des 18. Jahrhunderts an der Stelle der zerstörten Borisoglebskaja-Kirche erbaut, die 1167 von dem Boyaren Sotko Sytynitsch errichtet wurde. 1969 wurde im Inneren der Kirche ein gut erhaltenes Treppenturm der Borisoglebskaja-Kirche entdeckt, der zu den Emporen und Chören führte.

Ursprünglich wurde an diesem Ort von 1167 bis 1173 der steinerne Tempel von Boris und Gleb errichtet, der ein majestätisches Gebäude mit drei Apsiden und sechs Säulen sowie einem Treppenturm darstellte. Nach dem Brand von 1405, der die Kirche stark beschädigte, wurde 1441 auf Anordnung des Erzbischofs Jewfimius II. ein neuer Tempel auf dem alten Fundament erbaut. Der Treppenturm wurde abgerissen, und an seiner Stelle entstand die Kapelle des Andreas Stratilates. Der im 15. Jahrhundert umgebaute Borisoglebskij-Kathedrale ist auf dem Ikone „Vision des Sakristans Tarasij“ aus dem späten 16. Jahrhundert abgebildet, geschmückt mit Fresken und zwei Kuppeln, von denen eine die Kapelle des Andreas Stratilates symbolisierte. Auf dem schwedischen Plan von 1611 ist die Kapelle des Andreas Stratilates deutlich von der Südseite des Hauptgebäudes mit einer Kuppel zu sehen.

Während der Eroberung Nowgorods durch die Schweden zu Beginn des 17. Jahrhunderts wurde die Kathedrale stark beschädigt. 1682 stürzte die Borisoglebskij-Kathedrale ein und wurde abgerissen, während die Kapelle des Andreas Stratilates erweitert und in eine eigenständige Kirche umgewandelt wurde. Das moderne Gebäude ist das Ergebnis von zwei Hauptbauphasen. Von dem 15. Jahrhundert sind die Wände des westlichen Volumens und die Nordwand des östlichen Anbaus erhalten, die aus Wolchow-Sandstein, Muschelkalk und Ziegeln errichtet wurden. Die Architektur des westlichen Portals mit einem bogenförmigen Abschluss und dekorativer Blende ist charakteristisch für die nowgorodische Baukunst des 15. Jahrhunderts. Die östliche und ein Teil der Südwand sowie die Gewölbe wurden im 17. Jahrhundert aus Ziegeln erbaut. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde der Tempel umgebaut: ein neues Gewölbe im westlichen Volumen wurde eingerichtet, das Dach ersetzt, eine kleine Kuppel und ein Glockenturm hinzugefügt und die Fundamente unter der Nordwand verstärkt.

Während des Großen Vaterländischen Krieges wurde die Kirche beschädigt: das Dach wurde beschädigt, der Putz fiel ab, die Böden wurden abgerissen. 1947 wurde das Gebäude repariert. 1969 wurden unter der Leitung von Professor M.K. Karger die Fundamente des Treppenturms aus dem 12. Jahrhundert untersucht, wobei eine gut erhaltene Mauer des zentralen Pfeilers mit einer Wendeltreppe entdeckt wurde.

In den 1970er Jahren verschlechterte sich der Zustand des Denkmals, es traten Risse in den Wänden auf. Unter der Leitung des Architekten G.M. Shtender wurden Notfallarbeiten durchgeführt. In den Jahren 2000-2003 führte die Firma „Desna“ Restaurierungsarbeiten nach den Projekten von O.N. Kowalenko und L.G. Markowa durch. Die tragenden Strukturen des Gebäudes wurden verstärkt, und der Boden im westlichen Volumen wurde mit Kalksteinplatten ausgelegt, um die Form des Fundaments des Treppenturms zu betonen. Unter der Leitung von E.I. Seregina entdeckten und verstärkten Künstler und Restauratoren aus Moskau die Wandmalerei des 16.-17. Jahrhunderts im Inneren des Tempels.