La iglesia de Andrés Estratilata fue construida no antes de finales del siglo XVII o principios del XVIII en el lugar de la destruida iglesia de Boris y Gleb, erigida en 1167 por el boyardo Sotko Sytinich. En 1969, se descubrió dentro de la iglesia una bien conservada torre de escaleras de la iglesia de Boris y Gleb, que conducía a las galerías y al coro.

Originalmente, en este lugar, entre 1167 y 1173, se construyó un templo de piedra de Boris y Gleb, que representaba un majestuoso edificio con tres ábsides y seis columnas, así como una torre de escaleras. Después del incendio de 1405, que dañó gravemente la iglesia, en 1441, por orden del arzobispo Efimio II, se construyó un nuevo templo sobre la antigua base. La torre de escaleras fue desmantelada y en su lugar apareció la capilla de Andrés Estratilata. La catedral de Boris y Gleb, reconstruida en el siglo XV, se representa en el ícono "La visión del sacristán Tarasiy" de finales del siglo XVI, adornada con frescos y dos cúpulas, una de las cuales simbolizaba la capilla de Andrés Estratilata. En el plano sueco de 1611, la capilla de Andrés Estratilata es claramente visible desde el lado sur del edificio principal de una sola cúpula.

Durante la captura de Novgorod por los suecos a principios del siglo XVII, la catedral sufrió graves daños. En 1682, la catedral de Boris y Gleb colapsó y fue desmantelada, y la capilla de Andrés Estratilata se amplió y se convirtió en una iglesia independiente. El edificio moderno es el resultado de dos períodos principales de construcción. De la época del siglo XV se conservan las paredes del volumen occidental y la pared norte de la adición oriental, construidas con piedra de Voljov, conchilla y ladrillo. La arquitectura del portal occidental con su remate arqueado y su decoración es característica de la arquitectura novgorodiana del siglo XV. La pared oriental y parte de la pared sur, así como las bóvedas, fueron construidas de ladrillo en el siglo XVII. En la primera mitad del siglo XIX, el templo fue reconstruido: se instaló una nueva bóveda en el volumen occidental, se reempluyó el techo, se añadieron una pequeña cúpula y una campanario, y se reforzaron los cimientos bajo la pared norte.

Durante la Gran Guerra Patria, la iglesia sufrió daños: el techo fue dañado, el yeso se desprendió y los pisos fueron desmantelados. En 1947, el edificio fue reparado. En 1969, bajo la dirección del profesor M.K. Karger, se investigaron los cimientos de la torre de escaleras del siglo XII, descubriendo una bien conservada mampostería del pilar central con una escalera de caracol.

En la década de 1970, el estado del monumento se deterioró, aparecieron grietas en las paredes. Bajo la dirección del arquitecto G.M. Shtender, se realizaron trabajos de prevención de emergencias. Entre 2000 y 2003, la empresa "Desna" llevó a cabo la restauración según los proyectos de O.N. Kovalenko y L.G. Markova. Se reforzaron las estructuras portantes del edificio, y el piso en el volumen occidental se cubrió con losas de piedra caliza para resaltar la forma de la base de la torre de escaleras. Bajo la dirección de E.I. Seregina, artistas y restauradores de Moscú descubrieron y reforzaron la pintura mural de los siglos XVI-XVII dentro del templo.