Initialement, l'église Spaso-Transfiguration était en bois et existait déjà en 1618. Plus tard, vers 1670, elle a été reconstruite en pierre, bien que certaines sources indiquent l'année 1687.

Selon les livres de comptes de la fin du XVIIe siècle, la paroisse de l'église d'André le Premier appelé comptait 125 foyers, et la dîme ecclésiastique était nettement plus élevée que celle des autres églises de Vologda. Deux prêtres figuraient dans le clergé. Il est connu que de l'église de saint apôtre André le Premier appelé dans le village de Friazinovo, il était perçu 3 roubles et demi par dessiatine, ce qui était plus élevé que dans d'autres églises.

La paroisse de l'église comprenait le village de Friazinovo, situé dans les limites de la ville, et les villages voisins : Teplenkino, Khorkhorino, Diakonovo. Ainsi, l'église était unique, alliant traditions urbaines et rurales.

Les traditions orthodoxes dans la paroisse étaient fortes. Dans les rapports annuels de confession, les prêtres notaient l'absence d'hérétiques et de schismatiques. En 1733, la consistance spirituelle a enquêté sur les affaires des paysans des villages de Diakonovo et Khorkhorino, accusés de schisme à cause du signe de croix à deux doigts et de disputes avec le prêtre. Dans les rapports de 1810, six personnes étaient mentionnées comme n'ayant pas confessé à cause du schisme. Les documents contiennent également des informations sur la visite de l'église par des paysans des villages de Barankovo, Doronino, Pogari. En 1791, la paroisse comptait 26 personnes du clergé et 27 fonctionnaires avec leurs familles, dont une seule famille était noble.

En 1922, tous les bijoux de l'église ont été confisqués au profit du pouvoir soviétique : 62 objets en argent pesant plus de deux poods, des perles et des pierres précieuses pesant plus d'une livre. En janvier 1930, plus de 218 poods de cuivre de cloche et 13 cloches ont été jetés.

Le 31 janvier 1930, le présidium du comité régional de Vologda a décidé de résilier les contrats avec huit églises, y compris l'église d'André le Premier appelé, en raison de violations par les communautés religieuses et de la transmission des églises aux besoins de l'État dans des conditions de crise aiguë des locaux à Vologda. La principale science a décidé de conserver uniquement l'aspect architectural général de l'église, tandis que l'intérieur devait être transféré au musée. Le temple est devenu un point de transit pour les personnes déplacées. Sur ses murs et fenêtres sont restées les signatures des victimes des répressions, datées de 1930 à 1932, des prières et des dessins d'enfants.

Depuis février 1930, les services religieux dans l'église ont cessé, et le dernier prêtre, le père Nicolas Zamarayev, a été transféré au cimetière de Bogorodskoye, où il a été arrêté en 1937 et est mort en prison.

Après la guerre, le temple a été utilisé comme entrepôt de la base pétrolière de Vologda. Pendant la période soviétique, aucun travaux de réparation n'ont été effectués, et le bâtiment est resté sans toiture, ce qui a conduit à la destruction des voûtes et à des dommages aux fresques. Tous les images conservées dans le temple supérieur avaient les yeux crevés, et la peinture du temple inférieur ne s'est pas conservée.

En 1990, l'église a été restituée, et des services sont célébrés dans le temple inférieur, où les autels d'André et de Guriy-Samon-Avivov ont été consacrés.