Ursprünglich war die Spaso-Transfiguration-Kirche aus Holz und existierte bereits im Jahr 1618. Später, um 1670, wurde sie in Stein umgebaut, obwohl einige Quellen auf das Jahr 1687 hinweisen.

Laut den Steuerbüchern des späten 17. Jahrhunderts zählte die Gemeinde der Kirche des Heiligen Andreas 125 Höhlen, und die Kirchensteuer war deutlich höher als bei anderen Kirchen in Wologda. Im Pfarrteam waren zwei Priester verzeichnet. Es ist bekannt, dass von der Kirche des heiligen Apostels Andreas in dem Dorf Frjazinowo von einem Zehntel 3 Rubel und 50 Kopeken erhoben wurden, was höher war als bei anderen Kirchen.

Die Gemeinde der Kirche umfasste das Dorf Frjazinowo, das sich innerhalb der Stadtgrenzen befand, sowie nahegelegene Dörfer: Teplenkino, Chorkhorino, Diakonovo. Somit war die Kirche einzigartig, da sie städtische und ländliche Traditionen vereinte.

Die orthodoxen Traditionen in der Gemeinde waren stark. In den jährlichen Beichtlisten vermerkten die Priester das Fehlen von Andersgläubigen und Schismatikern. Im Jahr 1733 untersuchte die geistliche Konsistenz die Angelegenheiten von Bauern aus den Dörfern Diakonovo und Chorkhorino, die wegen des Kreuzzeichens mit zwei Fingern und Streitigkeiten mit dem Priester des Schismas beschuldigt wurden. In den Listen von 1810 wurden sechs Personen erwähnt, die aufgrund des Schismas nicht zur Beichte gingen. In den Dokumenten gibt es auch Informationen über den Besuch der Kirche durch Bauern aus den Dörfern Barankovo, Doronino, Pogari. Im Jahr 1791 lebten in der Gemeinde 26 Personen des geistlichen Standes und 27 Beamte mit ihren Familien, von denen nur eine Familie adelig war.

Im Jahr 1922 wurden alle Schmuckstücke der Kirche in den Fonds der sowjetischen Macht eingezogen: 62 silberne Gegenstände mit einem Gesamtgewicht von über zwei Pud, Perlen und Edelsteine mit einem Gewicht von über einem Pfund. Im Januar 1930 wurden mehr als 218 Pud Glockenmetall und 13 Glocken abgeworfen.

Am 31. Januar 1930 beschloss das Präsidium des Wologda-Okrugskomitees, die Verträge mit acht Kirchen, einschließlich der Kirche des Heiligen Andreas, wegen der Verstöße der religiösen Gemeinschaften und der Übertragung der Kirchen für staatliche Bedürfnisse in Zeiten akuten Raummangels in Wologda zu kündigen. Die Hauptwissenschaft beschloss, nur das allgemeine architektonische Erscheinungsbild der Kirche zu erhalten, während die Inneneinrichtung an ein Museum übergeben werden sollte. Die Kirche wurde zu einem Durchgangspunkt für Umsiedler. An ihren Wänden und Fenstern blieben die Unterschriften der Opfer von Repressionen, datiert auf die Jahre 1930-1932, Gebete und Kinderzeichnungen.

Seit Februar 1930 fanden in der Kirche keine Gottesdienste mehr statt, und der letzte Pfarrer, Vater Nikolai Samaraev, wurde auf den Bogorodskoye-Friedhof versetzt, wo er 1937 verhaftet und im Gefängnis ums Leben kam.

Nach dem Krieg wurden in der Kirche Lager der Wologda-Ölgesellschaft untergebracht. In der sowjetischen Zeit fanden keine Reparaturarbeiten statt, und das Gebäude blieb ohne Dach, was zu einem Zusammenbruch der Gewölbe und Beschädigungen der Fresken führte. Bei allen erhaltenen Bildern im oberen Tempel waren die Augen herausgestochen, und die Malerei im unteren Tempel ist nicht erhalten geblieben.

Im Jahr 1990 wurde die Kirche zurückgegeben, und die Gottesdienste finden im unteren Tempel statt, wo die Altäre von Andreas und Gurie-Samono-Avivov geweiht wurden.