Les informations sur la date de fondation du monastère varient : certaines sources affirment qu'il a été fondé en 1605, d'autres en 1622. Cependant, il est certain que le monastère existait dans les années 1630. A. Latyshev explique son apparition précoce par des décrets gouvernementaux dans la ville nouvellement fondée. La population initiale de Tomsk était composée de cosaques désordonnés, d'industriels cupides, de chercheurs de richesses étrangers, de Polonais exilés, de condamnés et de Tatars locaux. « Le gouvernement voyait la nécessité d'établir un tel endroit, donnant l'exemple des vertus chrétiennes... »

Dans les années 1630-1650, le monastère de Bogoroditsky se trouvait à l'embouchure de la rivière Kirgizka dans la Tom (monastère d'Ust-Kirgiz). En 1658, il a été transféré sur la montagne Yurtchnaya, où des entrepôts souterrains et des passages vers la rivière Ushayka ont été construits. En 1663, l'église a été consacrée en l'honneur de Saint Alexis, homme de Dieu, et le monastère a été nommé Bogoroditse-Alekseyevsky.

Ce monastère dirigeait huit monastères sibériens faisant partie du rang de Tomsk. Jusqu'en 1764, il était le seul propriétaire de 400 serfs dans la province de Tomsk et possédait des terres le long des rivières Tom et Ob. Au XVIIe siècle, un hôpital a été ouvert près du monastère, et en 1746, la première école de Tomsk. Depuis 1858, une séminaire spirituelle avec une vaste bibliothèque y était en activité.

Le monastère, comme d'autres abbayes sibériennes, servait de lieu d'exil pour les contrevenants aux règles monastiques, ainsi que pour la détention de personnes laïques.

Le principal temple du monastère est l'église de Kazan avec des chapelles en l'honneur d'Alexis, homme de Dieu, et des saints Flora et Lavra. À l'origine en bois, elle a été détruite à plusieurs reprises par le feu. En 1789, un bâtiment moderne en pierre dans le style baroque sibérien a été construit, où se trouvait une icône particulièrement vénérée de la Mère de Dieu « La Buisson Ardent ».

En 1922, le monastère a été fermé, et les moines ainsi que l'archimandrite ont été exécutés sur la montagne Kashtak. Les bâtiments du monastère ont été transformés en Institut industriel et pédagogique.

En 1992, l'église de Kazan et le corps des cellules du monastère ont été restitués aux croyants.

En 2012, 15 millions de roubles ont été alloués à la restauration de l'église de Kazan par le budget fédéral dans le cadre du programme « Culture de la Russie ».