Las fechas sobre la fundación del monasterio varían: algunas fuentes afirman que fue fundado en 1605, otras en 1622. Sin embargo, se sabe con certeza que el monasterio existía en la década de 1630. A. Latyshev explica su aparición temprana en la recién fundada ciudad por decretos gubernamentales. La población inicial de Tomsk estaba compuesta por cosacos desenfrenados, industriales avariciosos, buscadores de riqueza extranjeros, polacos exiliados, convictos desterrados y tártaros locales. "El gobierno vio la necesidad de establecer un lugar en tal región que sirviera de ejemplo de virtudes cristianas..."

En las décadas de 1630 a 1650, el monasterio de la Madre de Dios estaba ubicado en la desembocadura del río Kirgizka en el Tom, (Monasterio de Ust-Kirgiz). En 1658 fue trasladado a la montaña Yurt, donde durante la construcción se crearon almacenes subterráneos y pasajes hacia el río Ushayka. En 1663, la iglesia fue consagrada en honor a San Alexis, hombre de Dios, y el monasterio pasó a llamarse de la Madre de Dios de Alekseyevsky.

Desde este monasterio se dirigieron ocho monasterios siberianos que formaban parte del rango de Tomsk. Hasta 1764, fue el único en la provincia de Tomsk que poseía 400 siervos y tenía tierras en los ríos Tom y Obi. En el siglo XVII, se abrió un hospital en el monasterio, y en 1746, la primera escuela de Tomsk. Desde 1858, funcionó aquí un seminario espiritual con una extensa biblioteca.

El monasterio, al igual que otros monasterios siberianos, sirvió como lugar de exilio para violadores de las reglas monásticas, así como para el alojamiento de personas laicas.

El templo principal del monasterio es la iglesia de Kazán con capillas en honor a Alexis, hombre de Dios, y a los santos Flora y Lavra. Originalmente de madera, se quemó en varias ocasiones. En 1789 se construyó el actual edificio de piedra en estilo barroco siberiano, donde se encontraba la venerada imagen de la Madre de Dios "La Zarza Ardiente".

En 1922, el monasterio fue cerrado, y los monjes y el archimandrita fueron ejecutados en la montaña Kashtak. En los edificios del monasterio se instaló el Instituto Industrial-Pedagógico.

En 1992, la iglesia de Kazán y el cuerpo de celdas del monasterio fueron devueltos a los creyentes.

En 2012, se asignaron 15 millones de rublos del presupuesto federal para la restauración de la iglesia de Kazán a través del programa "Cultura de Rusia".