Die Informationen über die Gründung des Klosters variieren: Einige Quellen behaupten, es wurde 1605 gegründet, andere 1622. Es ist jedoch genau bekannt, dass das Kloster in den 1630er Jahren existierte. A. Latyshev erklärt sein frühes Erscheinen in der gerade gegründeten Stadt durch Regierungsverordnungen. Die ursprüngliche Bevölkerung von Tomsk bestand aus ausschweifenden Kosaken, habgierigen Industriellen, ausländischen Schatzsuchern, verbannten Polen, verurteilten Sträflingen und einheimischen Tataren. „Die Regierung sah die Notwendigkeit, in einem solchen Land eine Einrichtung zu schaffen, die ein Beispiel für christliche Tugenden gibt…"

In den Jahren 1630-1650 befand sich das Bogoroditsky-Kloster an der Mündung des Flusses Kirgizka in die Tom (Ust-Kirgizsky-Kloster). 1658 wurde es auf den Jurtochna-Berg verlegt, wo beim Bau unterirdische Lager und Zugänge zum Fluss Ushayka geschaffen wurden. 1663 wurde die Kirche zu Ehren des heiligen Alexius, des Gottesmannes, geweiht, und das Kloster erhielt den Namen Bogorodice-Alekseevsky.

Von diesem Kloster aus wurde die Leitung von acht sibirischen Klöstern, die zum Tomsker Rang gehörten, ausgeübt. Bis 1764 war es der einzige in der Tomsker Provinz, der 400 Leibeigene besaß und über Ländereien an den Flüssen Tom und Obi verfügte. Im 17. Jahrhundert wurde in der Nähe des Klosters ein Krankenhaus eröffnet, und 1746 die erste Tomsker Schule. Ab 1858 gab es hier ein theologisches Seminar mit einer umfangreichen Bibliothek.

Das Kloster diente, wie andere sibirische Klöster, als Verbannungsort für Verstöße gegen die Klosterordnung sowie zur Unterbringung von weltlichen Personen.

Die Hauptkirche des Klosters ist die Kazan-Kirche mit Seitenaltären zu Ehren des Alexius, des Gottesmannes, und der Heiligen Flora und Lavra. Ursprünglich aus Holz, brannte sie mehrfach nieder. 1789 wurde ein modernes steinernes Gebäude im Stil des sibirischen Barock errichtet, in dem das besonders verehrte Bild der Gottesmutter „Unbrennbarer Dornbusch“ untergebracht war.

1922 wurde das Kloster geschlossen, und die Mönche sowie der Archimandrit wurden am Berg Kashtak hingerichtet. In den Gebäuden des Klosters wurde ein Industrie-Pädagogisches Institut untergebracht.

1992 wurden die Kazan-Kirche und der Zellenbau des Klosters den Gläubigen zurückgegeben.

2012 wurden aus dem Bundeshaushalt im Rahmen des Programms „Kultur Russlands“ 15 Millionen Rubel für die Restaurierung der Kazan-Kirche bereitgestellt.