El monasterio fue fundado a mediados del siglo XVI por la princesa Yefrosinya Staritskaya, viuda del príncipe Andrei Staritsky, quien era tío del zar Iván IV el Terrible.

En ese momento ya existía un monasterio en Kirillov, y en Goritsy había una iglesia de madera de la Resurrección y una iglesia de madera de la Presentación. La princesa Yefrosinya reemplazó la iglesia de madera de la Resurrección por una de piedra con una capilla en honor al venerable Cirilo de Belozersk, el Milagroso, en 1544, lo que se considera el año de fundación del monasterio. Al mismo tiempo, se construyó una nueva iglesia cálida en honor a la Madre de Dios de la Odigitria con refectorio.

Se conocen los nombres de las primeras abadesas de la comunidad de Goritsy: Anisia, Anastasia, Sofía, Mariamia, Ana.

Después de la revolución, se creó en la base del monasterio una cooperativa agrícola llamada "Kolós", donde trabajaban las monjas. En 1932, el monasterio fue cerrado y las monjas se dispersaron por las aldeas cercanas. En 1937, muchas de ellas, incluida la abadesa de 70 años Zosima Rybakova, fueron arrestadas y fusiladas.

Después de la guerra, se instaló en el monasterio una Casa de inválidos. Tras su cierre, el monasterio fue entregado a un museo. Comenzó la restauración, pero faltaban fondos. En la década de 1990, comenzó la restauración de la iglesia rural de la Presentación, que luego fue entregada al monasterio. El 6 de octubre de 1999, el monasterio fue oficialmente reconocido como activo.

En el monasterio residen permanentemente entre 10 y 20 monjas. Lo visitan peregrinos y turistas, especialmente en verano, cuando se abren rutas acuáticas. La abadesa del monasterio es la madre Yefaliya Lebedeva.

En mayo de 2015, se derrumbó parte de la pared del siglo XVI del lado del lago.