Das Kloster wurde Mitte des 16. Jahrhunderts von Fürstin Jefrosinija Staritskaja, der Witwe des Fürsten Andrej Staritskij, gegründet, der der Onkel von Zar Iwan IV. dem Schrecklichen war.

Zu diesem Zeitpunkt gab es bereits ein Kloster in Kirillow, und in Goritsy standen die hölzerne Auferstehungskirche und die Einführungskirche. Fürstin Jefrosinija ersetzte 1544 die hölzerne Auferstehungskirche durch eine steinerne mit einer Kapelle des heiligen Kirill von Weißrussland, was als Gründungsjahr des Klosters gilt. Zur gleichen Zeit wurde eine neue warme Kirche im Namen der Gottesmutter Odihria mit einer Speisehalle erbaut.

Die Namen der ersten Äbtissinnen des Goritsy-Klosters sind bekannt: Anisija, Anastasia, Sofia, Mariamia, Anna.

Nach der Revolution wurde auf der Grundlage des Klosters die landwirtschaftliche Genossenschaft „Koloss“ gegründet, in der die Nonnen arbeiteten. 1932 wurde das Kloster geschlossen, und die Nonnen verteilten sich auf die umliegenden Dörfer. 1937 wurden viele von ihnen, darunter die 70-jährige Äbtissin Zosima Rybakova, verhaftet und erschossen.

Nach dem Krieg wurde im Kloster ein Haus für Invaliden eingerichtet. Nach dessen Schließung wurde das Kloster dem Museum übergeben. Die Restaurierung begann, aber es fehlten die Mittel. In den 1990er Jahren begann die Wiederherstellung der ländlichen Einführungskirche, die später dem Kloster übergeben wurde. Am 6. Oktober 1999 wurde das Kloster offiziell als aktiv anerkannt.

Im Kloster leben ständig 10 bis 20 Nonnen. Es wird von Pilgern und Touristen besucht, besonders im Sommer, wenn die Wasserwege geöffnet sind. Die Äbtissin des Klosters ist Jefalija Lebedeva.

Im Mai 2015 brach ein Teil der Wand aus dem 16. Jahrhundert von der Seeseite ein.