La catedral de la Transfiguración fue el principal templo de la diócesis de Perm en el siglo XIX y principios del XX. Su historia comienza en el siglo XVI, cuando en 1560 Anika Stroganov fundó el monasterio de Pyskor en el Kama. Este monasterio fue uno de los más ricos de los Urales gracias al apoyo de los conocidos industriales Stroganov. Sin embargo, a mediados del siglo XVIII, el monasterio se empobreció. Con la formación del gobierno de Perm, la emperatriz Catalina II ordenó trasladar el monasterio a Perm, lo que le dio un nuevo renacer. En el nuevo lugar comenzó la construcción de las celdas del monasterio y de la iglesia de Esteban, consagrada en 1798. El proyecto de la catedral fue desarrollado en Moscú, presumiblemente por M. F. Kazakov o sus alumnos, y fue completado por el arquitecto permiano G. H. Paulsen.

La catedral de la Transfiguración tiene similitudes con la catedral de Cristo Nacido en Lipetsk, posiblemente debido a un proyecto típico. Debía convertirse en el edificio central del conjunto monástico, que incluía la casa del obispo, el seminario teológico y otros edificios. La preparación y financiación de la construcción de la catedral tomó casi 10 años, desde 1789 hasta 1798. Los cimientos fueron colocados en 1798, y la construcción se llevó a cabo en varias etapas. La parte veraniega del templo, la iglesia de la Transfiguración del Señor, fue completada en 1818 y consagrada en 1819. Luego comenzó la construcción de la torre campanario de 67 metros según el proyecto de los arquitectos P. T. Vasiliev y P. I. Tamansky, en la que se colocaron 11 campanas del monasterio de Pyskor.

La gran consagración de la catedral tuvo lugar en 1832 por el obispo de Perm, Arcadios. Para decorar la catedral, se trasladó un iconostasio tallado desde el monasterio de Pyskor, realizado en Ekaterimburgo y Moscú. El estilo arquitectónico de la catedral corresponde al clasicismo, con elementos de la arquitectura de los Urales: gruesas paredes de ladrillo, rejas de metal y puertas de hierro fundido.

La construcción de la catedral fue apoyada por los habitantes de la provincia de Perm, quienes donaron dinero y materiales. La catedral ha sido reconstruida en varias ocasiones. En 1853-1854, según el proyecto de G. P. Letuchiy, se realizó la primera reconstrucción, que conectó la torre campanario y la catedral mediante una galería. En 1892-1893, A. B. Turchevich añadió dos capillas con cúpulas bulbosas.

En 1931, la catedral fue cerrada para servicios religiosos y convertida en una galería de arte. Entre 1954 y 1958, el edificio fue sometido a una reconstrucción, como resultado de la cual se convirtió en un edificio de tres pisos. El proyecto de expansión fue realizado por N. A. Shvarev. Se equiparon aulas y oficinas en el interior, se instaló calefacción y electricidad. La apariencia exterior de la catedral cambió: en la aguja de la torre campanario aparecieron árboles, y en 1946 sufrió daños por un saludo, pero fue restaurada.

En 1996 comenzaron las conversaciones sobre la transferencia de la catedral a la diócesis de Perm. Esto ocurrió oficialmente en 2011, y en 2012 el edificio fue devuelto a la Iglesia. La diócesis de Perm comenzó la preparación para la reconstrucción, con el fin de devolver a la catedral su aspecto histórico. En 2011 comenzó el desmantelamiento de la antigua cúpula, desgastada en un 95%. La nueva cúpula está hecha de materiales modernos y cubierta con un recubrimiento de nitruro de titanio. La restauración exterior de la fachada está cerca de completarse, se han instalado cruces, se ha reemplazado el techo y las ventanas. La restauración interior comenzará después de la reubicación de la galería, y se llevará a cabo la restauración del único iconostasio del siglo XVIII.

Cerca de la catedral se ha restaurado la iglesia del santo Mitrofán de Vorónezh y la iglesia doméstica de la residencia de los obispos. En este centro histórico de Perm había un necrópolis, donde fueron enterradas personas famosas, pero en la década de 1930 el cementerio fue cerrado y convertido en un zoológico. La catedral de la Transfiguración sigue siendo un importante símbolo espiritual y arquitectónico de Perm, su torre campanario de 67 metros es uno de los elementos emblemáticos de la ciudad. La catedral volverá a ser el centro espiritual de Perm y de la región de Perm.