Según datos históricos, el monasterio en este lugar existió ya en el siglo XVI y fue destruido por los lituanos. Según la versión más común, fue fundado por el metropolitano de Suzdal, Ilarión, como un monasterio masculino, pero con el tiempo cayó en decadencia. Durante mucho tiempo no hubo monasterio aquí.

En el siglo XVII se construyó en este lugar una iglesia parroquial de madera de San Pedro y San Pablo, que estuvo amenazada de cierre y demolición durante casi dos siglos. A principios del siglo XIX, la iglesia estaba en un cementerio. En 1825, los habitantes de Yuriev-Polski solicitaron al gobierno provincial la demolición de la vieja iglesia de San Pedro y San Pablo. El templo fue transferido al monasterio de San Miguel Arcángel, y en 1830, por orden del Santo Sínodo, la iglesia fue demolida. Durante un tiempo hubo un terreno vacío aquí, que fue entregado a los campesinos de la aldea vecina de Fedosino. El comerciante de Yuriev, Petr Borodulin, intercambió esta tierra con los campesinos y decidió restaurar el templo. El 16 de mayo de 1843, el Santo Sínodo permitió la construcción de una iglesia de piedra. Ese mismo año comenzó la construcción de un gran templo en honor de los apóstoles Pedro y Pablo. Sin embargo, el templo permaneció sin feligreses durante casi veinte años. En 1871, un incendio destruyó el monasterio femenino de la Introducción, y las monjas recibieron permiso para ocupar la iglesia de San Pedro y San Pablo, que se convirtió en la iglesia catedral del monasterio. Por orden del Santo Sínodo del 26 de enero de 1874, la comunidad pasó a llamarse monasterio de San Pedro y San Pablo. En ese mismo tiempo se construyó la iglesia de la Asunción en estilo neorruso.

A finales del siglo XIX, la igumenia Klavdiya construyó un campanario de cinco niveles en estilo neorruso. También abrió un asilo y una escuela para niñas, donde se enseñaban la Ley de Dios, escritura, aritmética, gramática, costura y manualidades. En la década de 1920, el monasterio fue disuelto, y en 1925 se vendieron todas las campanas como metal reciclable. La catedral de San Pedro y la iglesia de la Asunción fueron saqueadas, sus cúpulas y bóvedas destruidas, y parte de las paredes también.

El 27 de mayo de 2010, con la bendición del arzobispo de Suzdal y Vladimir, Evlogiy, comenzó la resurrección del monasterio femenino de San Pedro y San Pablo, que se convirtió en una dependencia del monasterio femenino de San Nicolás. El complejo se encontraba en mal estado, rodeado de montones de basura y árboles. La restauración comenzó con la iglesia del cementerio de la Ascensión, ya que sus paredes se habían conservado mejor y había terreno libre para la construcción de celdas. Las primeras dos monjas vivían en un apartamento de la ciudad y venían al monasterio a orar y trabajar, ya que en ese momento su templo aún no estaba listo.

El 15 de octubre de 2010, la catedral de San Pedro y el campanario fueron entregados a la diócesis de Vladimir de la Iglesia Ortodoxa Rusa. El 22 de octubre de 2015, el Santo Sínodo decidió abrir el monasterio femenino de San Pedro y San Pablo y nombró a la monja Serafima como igumenia.

En noviembre de 2018, la revista "Foma" describió la vida del monasterio: "no hay paredes blancas, en lugar de campanas, un trozo de cilindro de gas reúne a la gente para el servicio, no hay multitudes de peregrinos bajo el templo, y los edificios de la escuela están mezclados con los del monasterio. En el monasterio viven tres monjas con un perro. El baño está afuera, porque no hay dinero en la casa; la procesión consiste en una sola monja que recorre el territorio del monasterio".

En junio de 2019, por iniciativa del representante plenipotenciario del presidente de Rusia en el Distrito Federal Central, Igor Shchegolev, se creó un grupo de trabajo para ayudar en la resurrección del monasterio femenino de San Pedro y San Pablo.