La colección fue creada en 1789 en la fábrica Nikolsky-Bakhmetev y originalmente representaba una sala de muestras. En 1914 ya se mencionaba en documentos como museo. Tres generaciones de la familia Bakhmetev y el príncipe Alexander Dmitrievich Obolensky recolectaron muestras de los productos de su fábrica, así como artículos de vidrio bohemio, francés, inglés y polaco.

Después de la nacionalización de la fábrica y su renombramiento a "Gigante Rojo" en 1923, la colección del museo continuó creciendo gracias a los esfuerzos de los directores de la fábrica. En los últimos años, la colección se ha ampliado gracias a donaciones de particulares y obras de artistas del vidrio, que se entregan al museo tras los simposios realizados en Nikolsk desde 2006. La colección del Museo Nikolsky de Vidrio y Cristal se considera una de las más únicas y grandes de Rusia y es reconocida por los historiadores del arte como la mejor del país.

La exposición permanente, ubicada en el segundo piso del edificio, se presenta en orden cronológico e incluye alrededor de 5 mil exposiciones, lo que permite tener una visión completa de la colección del museo. Aquí se presentan completamente los productos de la fábrica Nikolsky-Bakhmetev de los siglos XVIII-XIX y, de manera selectiva, períodos posteriores. La exposición también incluye una pequeña parte de la colección de vidrio de Europa occidental, porcelana de fábricas europeas y rusas, así como objetos donados al museo por diversas personas.

En el primer piso del museo se llevan a cabo exposiciones temporales, donde se muestran obras de artistas y maestros de finales del siglo XX y principios del XXI, incluyendo productos de las fábricas modernas de Nikolsk y vidrio decorativo contemporáneo, donado por los autores tras la finalización de los simposios internacionales.