La institución comenzó su actividad en la década de 1920 como el Museo de la Naturaleza Local de Herzen. A lo largo de casi un siglo, la exposición ha cambiado de nombre en varias ocasiones, pero sus funciones principales han permanecido inalteradas: la recopilación, estudio y divulgación de conocimientos sobre la naturaleza de la región de Vologda, así como la observación de los cambios en la fauna y flora tras la creación del embalse de Rybinsk.

Hoy en día, el Museo de la Naturaleza se enorgullece de su rica colección de minerales, rocas y fósiles. Su superficie total es de 500 metros cuadrados. Además de las salas de exposiciones, hay una pequeña sala para actividades y lecciones, destinada a escolares y estudiantes. En el museo hay dos exposiciones permanentes: "Motivos del Bosque" y "Viaje al Mundo de los Fósiles". La primera exposición está dedicada a las riquezas naturales de Cherepovets y sus alrededores, así como al desarrollo de la flora y fauna local.

La colección del museo cuenta con alrededor de 30,000 exposiciones, que se exhiben en diversas exposiciones. Los antiguos fósiles se presentan en la sección "Viaje al Mundo de los Fósiles". La formación de los fondos de esta exposición comenzó en 1907, cuando se descubrieron restos de animales extintos durante la construcción de un muelle en el río Yagorba. En las décadas de 1940 a 1970, la colección se enriqueció activamente durante la construcción de la planta metalúrgica. Muchos huesos de mamut fueron encontrados en canteras y excavaciones cercanas. Los empleados del museo continúan realizando expediciones, enriqueciendo los fondos con nuevos materiales valiosos.

Una sección grande y separada está dedicada a una colección de fotografías que reflejan la belleza de la naturaleza rusa. Aquí se guardan obras de fotógrafos famosos, como V. N. Mijailov, M. V. Berezovsky y N. D. Shkuropadsky.