La Sociedad de Naturalistas y Amantes de la Ciencia Natural de Saratov fue creada en 1895, y ya al año siguiente se inauguró el museo de esta sociedad. Entre 1906 y 1909, gracias al apoyo financiero de V. F. Komar y las donaciones de otros miembros activos de la organización, así como con la ayuda de la ciudad, se construyó un edificio propio según el proyecto del arquitecto V. K. Karpenko, quien trabajó de forma gratuita. Los principales donantes del museo fueron los propios miembros de la sociedad, entre los que se encontraban científicos y figuras públicas reconocidas. Por ejemplo, la colección ornitológica fue entregada al museo por el fundador del museo local de Khvalynsk, Mikhail Alekseevich Radishchev, y su director en 1915 y 1921, el botánico Viktor Viktorovich Fofanov, hizo una contribución significativa al desarrollo del museo.

En los primeros años del poder soviético, el museo perdió su estatus de institución independiente, y en 1928 su colección se unió a otras en el museo local, que ahora es parte del departamento de naturaleza. El elegante edificio del museo y de la sociedad fue demolido en los años 60, y en su lugar ahora se encuentra un edificio residencial.