El Museo de Historia de la Ciudad de Yaroslavl fue inaugurado en agosto de 1985 como una filial del Museo-Reserva Estatal de Yaroslavl. Desde 1998 se convirtió en un museo municipal independiente.

El museo está ubicado en una mansión comercial en el malecón del Volga. El edificio principal de la mansión fue construido entre 1893 y 1894 con fondos del comerciante de la primera guilda Vasili Yakovlevich Kuznetsov, cuya fortuna al final de su vida se estimaba en casi 1 millón de rublos. Tras su muerte en 1901, la casa pasó a su viuda, Elizaveta Maksimovna Kuznetsova. En 1918, el edificio fue nacionalizado y se utilizó para diversas instituciones, incluyendo un hospital infantil y un departamento de oftalmología.

En 1985, la casa se convirtió en el Museo de Historia de la Ciudad. En 1998, gracias a la iniciativa del alcalde y al apoyo del gobernador, el museo se convirtió en municipal, lo que estuvo relacionado con los preparativos para el milenario de Yaroslavl. El director del museo fue Vladimir Georgievich Izvekov, bajo cuya dirección se llevaron a cabo trabajos de reparación y restauración y se creó una nueva exposición. La financiación del proyecto se realizó a partir del presupuesto municipal y de fondos de patrocinadores de más de 40 organizaciones, que fueron mencionadas en el Libro de amigos del Museo. La restauración del edificio fue realizada por los arquitectos restauradores S. N. Stolyarova y S. E. Novikov.

La exposición del museo, "Diez siglos de historia de Yaroslavl", abarca toda la historia de la ciudad desde el siglo XI hasta nuestros días. Incluye seis salas temáticas, donde se presentan hallazgos arqueológicos, monumentos de escritura y otros objetos. Se presta especial atención a la maqueta de Yaroslavl del siglo XIII. La exposición también cubre el período del reino de Moscú, el tiempo de la confusión y el desarrollo de la ciudad en el siglo XVIII, incluyendo la Gran Manufactura de Yaroslavl y la creación de la gobernación.

La quinta sala está dedicada a la historia política de la ciudad, incluyendo los eventos de la Primera Revolución Rusa y la Primera Guerra Mundial, así como el levantamiento de Yaroslavl de 1918. La sexta sala abarca la segunda mitad del siglo XX y la historia contemporánea de la ciudad. El museo también incluye salas dedicadas a los famosos yaroslavlenses y a las relaciones internacionales de la ciudad.

En 2002 se inauguró la exposición "De la historia de la medicina yaroslavlense", y en 2016, "Monumento de Patrimonio Mundial", dedicada a la parte histórica de Yaroslavl, incluida en la lista de la UNESCO. El museo tiene dos filiales: la Sala de Exposiciones Municipal N. A. Nuzhina y el Centro de Cultura Bielorrusa. Desde 2012 hasta 2019, el museo fue dirigido por Valery Vasilievich Velichko, y desde mayo de 2019, el director es Alexander Vitalievich Nechaev.