El 12 de febrero de 1864 se inauguró el zoológico en Moscú. Su creación fue obra de los científicos biólogos de la Sociedad Imperial de Aclimatación de Plantas y Animales, que organizaron el primer jardín zoológico en Rusia en las afueras de la ciudad. En el zoológico se mantenían 286 representantes de la fauna local y animales domésticos de granja.

Los ingresos de las entradas se destinaban al mantenimiento del zoológico. En los primeros años, lo visitaban hasta diez mil personas anualmente. Los habitantes de la capital donaban activamente dinero para el mantenimiento del zoológico, pero esos fondos no eran suficientes para la compra y el cuidado de los animales. También se necesitaba dinero para la reparación y construcción de jaulas, recintos y nuevos edificios. Debido a las deudas, la Sociedad pronto decidió arrendar el zoológico a la familia Riabinin, lo que llevó a su ruina.

En 1878, la Sociedad volvió a tomar el zoológico bajo su cuidado. Sin embargo, los eventos de la revolución de 1905 afectaron el territorio del zoológico, y tuvo que ser entregado nuevamente a manos privadas.

Después de la Revolución de Octubre de 1917, con la llegada del poder soviético, en 1919 el zoológico fue nacionalizado. Hoy es uno de los zoológicos más grandes y antiguos de Rusia, ubicado en el centro de Moscú. Su superficie es de 21,5 hectáreas, y alberga casi 750 especies de animales, con un total que supera los siete mil.