La historia del Desierto de Tikhon comienza en la segunda mitad del siglo XV, cuando un monje del monasterio Chudov de Moscú, Tikhon, llegó a los bosques de Medyn. Vivió varios años en soledad en un hueco de un viejo roble, hasta que a su alrededor se reunieron discípulos. Como resultado, a pesar de la resistencia del príncipe local Yaroslav Vladimirovich, se formó una comunidad monástica. Al igual que muchos monasterios jóvenes, era materialmente pobre, teniendo solo una iglesia de madera dedicada a la Asunción y algunas celdas, pero espiritualmente rica gracias a las enseñanzas del venerable Tikhon.

En 1551, en el Concilio de Moscú, el venerable Tikhon fue canonizado. Sus reliquias fueron encontradas y descansaron en el templo de la Asunción. En 1610, las tropas polaco-lituanas destruyeron el monasterio, destruyendo todos los documentos monásticos que podrían haber ayudado a restaurar la historia del primer siglo de existencia del monasterio. Solo sobrevivió el templo en honor a los Tres Santos Padres. Las reliquias del venerable Tikhon fueron escondidas por los monjes, temiendo su profanación.

La restauración del monasterio comenzó varias décadas después. Para 1630, se construyeron nuevos edificios de servicios y celdas, y luego comenzó la construcción de dos nuevos templos de madera. En la década de 1670, comenzó la construcción de un templo de piedra sobre las reliquias del venerable Tikhon de Kaluga. El templo de los Tres Santos fue trasladado fuera del monasterio y se convirtió en una iglesia parroquial. El templo de piedra fue consagrado en honor a la Transfiguración del Señor.

En 1684, el Desierto de Tikhon perdió su autonomía y fue anexado al monasterio Don de Moscú. La formación de la diócesis de Kaluga en 1799 organizó la vida de los monasterios. A finales del siglo XIX, el monasterio experimentó un florecimiento material: la catedral de la Transfiguración fue reconstruida, se construyeron nuevos templos y un campanario. En 1914, se consagró un nuevo templo de la Asunción y un edificio hospitalario con iglesia.

Para 1917, el Desierto de Tikhon se había convertido en uno de los monasterios más grandes de Rusia, superado en número de peregrinos solo por el Desierto de Optina. Sin embargo, en 1918, el monasterio fue cerrado por decisión del congreso del consejo de diputados de trabajadores del distrito de Kaluga.

En 1993, la catedral de la Asunción fue transferida a la diócesis de Kaluga. La primera liturgia se celebró en 1995, y los trabajos de restauración continuaron durante cinco años más. Actualmente, se han restaurado la catedral de la Asunción, el templo de Nicolás, el templo doméstico con el edificio hospitalario, las celdas de los hermanos y el refectorio. Se ha construido un templo en la fuente sagrada, se está restaurando el campanario y se están construyendo nuevos templos. En el monasterio se celebran servicios religiosos diariamente.