Filipp nació el 22 de octubre de 1869 en el pueblo de Kazanka, en la región de Orenburgo. Sus padres eran campesinos pobres, y en una familia numerosa no se pensaba en la educación. Su padre creía que de los campesinos pobres no salían científicos. Sin embargo, Filipp mostró desde niño interés por el dibujo, representando con carbón en las paredes y puertas. La inclinación hacia la creatividad le vino de su abuelo, que se dedicaba a la talla en madera. Un feldfebel local le enseñó a leer y escribir.

Cuando Filipp cumplió 16 años, un monje del Monte Athos llegó al pueblo, que se hospedó con parientes. Junto a él, Filipp se fue a Grecia para aprender a pintar íconos. El dinero para el viaje fue recolectado por toda la comunidad. En Athos, se encontró en el monasterio ruso de San Panteleimon, donde se convirtió en novicio, observando la regla y trabajando en el taller de iconografía.

Filipp vivió allí siete años y, probablemente, se habría quedado para siempre si no fuera por un incidente. En ese momento, el conocido escultor ruso Vladimir Alexandrovich Beklemishev, viajando por Europa, decidió visitar un santuario ortodoxo. Al ver las obras de Filipp Maljavin, quedó impresionado por su delicado sentido del tono y la precisión del dibujo. Beklemishev convenció a los monjes de dejar ir a Filipp, lo llevó a San Petersburgo y lo alojó en su casa.

En otoño de 1892, el Filipp de 23 años se presentó al examen en la Academia Imperial de Bellas Artes. Se destacaba entre los demás: rasgos faciales simples, vestimenta monástica, cabello largo. Murmurando algo entre dientes, hizo la señal de la cruz sobre su dibujo. Aprobó el examen con éxito y dominó el programa del curso principal en dos meses. En 1894, Maljavin comenzó a trabajar en el taller de Ilya Repin, pintando retratos de compañeros y por encargo.

Trabajaba rápidamente, como los impresionistas, y sus cuadros a menudo causaban sensación. De las imágenes de nobles pasó al tema de los campesinos, que le era cercano. Dos obras, pintadas en el verano de 1895, "Campesina tejiendo un calcetín" y "Detrás del libro", fueron compradas por Tretyakov.

En 1899, Maljavin pintó la obra "Risa" para su defensa de diploma, representando a mujeres riendo en trajes brillantes. Los profesores rechazaron la obra, considerándola sin ideas y provocativa. Maljavin recibió el título de artista gracias a la recomendación de Repin por los retratos exhibidos anteriormente.

Un año después, la pintura "Risa" fue enviada a la Exposición Mundial en París, donde recibió una medalla de oro. Se mostró en Venecia, y el gobierno italiano compró la pintura para el museo de arte moderno.

Después del éxito, Maljavin fue incluido en el libro "Historia de la pintura rusa del siglo XIX". Se casó, compró una mansión cerca de Riazán y en 1906 fue elegido académico. Después de eso, Maljavin se fue a París.

En 1911, presentó un retrato familiar, que decepcionó a los espectadores que esperaban expresión y carácter. Después de eso, el artista experimentó una crisis creativa.

Nuevas obras aparecieron solo en 1916, y en lugar de rostros sonrientes, en los lienzos miraban rostros sombríos y hostiles.

Después de la revolución, Maljavin se mudó a Riazán, donde ayudó a abrir una galería de arte y talleres, y enseñó un poco.

En 1919, tuvo su primera exposición personal. Maljavin fue invitado a Moscú, donde hizo bocetos de Lenin, Trotsky y pintó el retrato de Lunacharsky.

En 1922, se trasladó con su familia a París para organizar una exposición y se quedó allí. Dos años después, tuvo su segunda exposición personal. Luego se mudó a Niza, continuando a pintar. Filipp Maljavin falleció el 23 de diciembre de 1940 a la edad de 71 años y fue enterrado en el cementerio ruso.