En el lugar del actual monasterio de Znamensky, a principios del siglo XVII, se encontraba la fortaleza urbana de Kursk, construida en 1596 sobre el antiguo asentamiento pre-mongol en un alto promontorio en la confluencia de los ríos Tuskar y Kur. En 1612, Kursk fue capturado y devastado por el ejército polaco-lituano bajo el mando del hetman Zholkevsky, que contaba con alrededor de setenta mil hombres. El único lugar que no pudieron tomar los enemigos fue la fortaleza urbana, defendida por el voivoda Yuri Ignatievich Tatishev. Los defensores de la fortaleza, sufriendo por la falta de agua y pólvora, hicieron un voto de construir un monasterio en honor a la Icono de la Madre de Dios de Kursk, 'Znameniye', si lograban defender la ciudad.

Un mes después de un asedio infructuoso, los enemigos se retiraron, y los kurskianos comenzaron a cumplir su voto: primero se construyó un templo de madera en honor al Nacimiento de la Santísima Madre de Dios. En 1613, el zar Mikhail Fyodorovich Romanov permitió fundar un monasterio junto a la nueva iglesia, y su construcción se completó en 1615. En 1631, el monasterio sufrió un incendio provocado por un rayo.

Por orden del zar Alexei Mikhailovich, en 1649 se colocó la primera piedra de una catedral de piedra en el lugar del templo de madera en nombre de la Icono de la Madre de Dios 'Znameniye', que se construyó para 1680 con fondos del tesoro real y donaciones privadas. Después de esto, el monasterio se conoció como el Monasterio de Znamensky de la Natividad de la Madre de Dios. En ese mismo tiempo, con donaciones de los príncipes Romodanovsky, se construyeron otras iglesias y edificios, así como una muralla de piedra con torres.

Según el manifiesto de Catalina II sobre la secularización de las tierras monásticas de 1764, el monasterio de Znamensky fue clasificado en la segunda categoría y se mantuvo dentro de la diócesis de Belgorod y Oboyansk. En 1816 comenzó la construcción de la gran catedral de Znamensky, que se convirtió en un monumento a la victoria en la Guerra Patriótica de 1812. En 1854, el monasterio recibió el estatus de primera clase.

El monasterio fue cerrado por los bolcheviques en 1924, y en su territorio se estableció un museo regional. La catedral de Znamensky fue utilizada por los creyentes, y el edificio del hermano como un albergue. En 1932, la parroquia de Znamensky fue liquidada, y en la catedral se organizó un cine llamado 'Octubre', que se inauguró en 1937.

El monasterio fue reabierto en 1992, y comenzó la reconstrucción de la catedral de Znamensky. En 2000, el metropolitano de Kursk y Rylsk, Juvenal, consagró el altar principal de la catedral. En 1997 se tomó la decisión de transferir la iglesia de la Resurrección a la Iglesia Ortodoxa Rusa, lo que se concretó en 2003. En 2006, se instaló una cúpula en la iglesia.

En el edificio de la Casa del Arzobispo se encuentra actualmente el museo regional de Kursk. El 15 de enero de 2013, en el recinto del monasterio de Znamensky, fue enterrado el esquimetrópole Juvenal tras la celebración de la divina liturgia.