Hasta 1794, el templo se encontraba en la calle Bogoявленская, cerca de las herrerías, ya que los santos Cosme y Damián son considerados los patronos de los herreros. Más tarde, las herrerías y el templo fueron trasladados a las Puertas de Moscú. En 1754, el templo sufrió un incendio, y el campanario fue construido solo en 1836. En 1881, el iconostasio principal fue renovado y dorado, y en 1886 se instalaron los iconostasios de las capillas, decorados con tallas y dorados. En 1888, el templo fue pintado y la antigua pintura fue renovada.

En los inventarios de 1626 y 1685, se menciona como la iglesia de San Nicolás el Milagroso, ubicada detrás de las tiendas, de madera, con un techo a dos aguas, en el antiguo fuerte, con una capilla en honor a Cosme y Damián. En el siglo XVIII, el templo estaba situado cerca de la actual iglesia de Bogoявленский. En 1754, el templo de madera sufrió un incendio, y en 1755 se construyó un nuevo templo de piedra en honor a San Nicolás. En 1794, de acuerdo con el nuevo plan de Kaluga, la iglesia de Nicolás fue desmantelada y trasladada a un nuevo lugar, y la construcción se completó en el siglo XVIII.

El altar principal del nuevo templo fue consagrado en nombre del Salvador No Hecho por Manos, pero en el pueblo la iglesia continuó siendo llamada Kozmodemyanskaya, aunque a estos santos solo se les dedicó una capilla, la otra, a San Nicolás.

Antes de la revolución, en el templo se guardaban el Evangelio, impreso en papel azul en 1755, y el libro de oraciones de 1658. La iglesia era famosa por el ícono de la Madre de Dios "Pasión", adornado con un manto de plata, perlas y piedras preciosas. También había un ícono de la Madre de Dios de Pochaev, traído del Monasterio de Pochaev. Se bajaba una vez a la semana para que los feligreses pudieran venerarlo.

A pesar de su belleza única, el templo sufrió el vandalismo soviético. Los sacerdotes hieromonje Antonio (Kobeleva) y el padre Nicolás Vylezhinsky fueron arrestados en 1926 por agitación anticomunista. El padre Antonio fue exiliado a la región de Belgorod y fusilado en 1931, el destino del segundo es desconocido.

En 1937, el templo fue cerrado y utilizado para albergar prisioneros. El cierre estuvo acompañado de sacrilegios y intentos de destruir los frescos, pero las imágenes de los santos se conservaron milagrosamente. Al retirar las campanas, uno de los jóvenes comunistas murió al caer del campanario.

Después del cierre, el edificio se utilizó como aislador, y más tarde, como garaje y almacén. En 1960, el templo fue reconocido como monumento arquitectónico, pero continuó utilizándose como almacén hasta su entrega a la Iglesia. El trato bárbaro contribuyó a su destrucción, y los valores desaparecieron.

El 17 de julio de 1992, el templo fue devuelto a la Diócesis de Kaluga y se convirtió en la Residencia Arzobispal. El 27 de agosto de 1998, el arzobispo Clemente consagró el altar central, y comenzaron los servicios regulares.

Desde 1992 hasta 1996, el rector fue el protoiereo Nicolás Suhodolov, desde 1997 hasta 2016, el protoiereo Georgiy Gafarov. Desde el 23 de mayo de 2016, el rector designado es el protoiereo Sergiy Tretyakov.

En el templo continúan los servicios y los trabajos de restauración. Frente a la fachada sur se ha erigido un monumento a los caídos en Afganistán, Chechenia y otros puntos calientes, lo que convierte a la iglesia en un lugar de conmemoración militar.

En el templo funcionan dos escuelas dominicales para niños y adultos. Los sábados se llevan a cabo charlas espirituales y se organizan viajes de peregrinación.