La iglesia de Pedro y Pablo fue la primera iglesia cementerial en Nizhni Nóvgorod. En 1763, cuando la Comisión de Construcción de Piedra de San Petersburgo y Moscú comenzó la reestructuración regular de las ciudades rusas, se enfrentó a serias dificultades debido a los cementerios cerca de las iglesias parroquiales. La apertura de calles a través de estos territorios causaba descontento entre los habitantes.

En 1775, en Nizhni Nóvgorod, a media verst de la reja de Varvara, se designó un espacio libre para un cementerio municipal, donde se instaló una capilla y se levantó una cerca.

Para 1781, según el proyecto del primer arquitecto provincial, Yakov Ananín, se construyó el edificio de la iglesia de Pedro y Pablo, sin embargo, el altar principal en honor a Pedro y Pablo fue consagrado solo en 1785.

En la década de 1960, durante la época soviética, el edificio de la iglesia albergaba el cine "Pioner".

En la década de 1990, la iglesia de los Santos Apóstoles Pedro y Pablo en Nizhni Nóvgorod fue devuelta a los fieles.

El edificio de la iglesia es sin columnas, con un octógono barroco iluminado sobre un cuadrado, una sala de comidas y un campanario de tres niveles sobre la entrada occidental, diseñado en forma de barco. El campanario fue destruido en la época soviética, y en 2014 se construyó uno nuevo en su lugar, de dos niveles con un techo en forma de cúpula. Los marcos de las ventanas barrocas están tallados en ladrillo. La iglesia es el único monumento de barroco ruso de la segunda mitad del siglo XVIII que se ha conservado en Nizhni Nóvgorod.