En 1675, en el lugar de la iglesia de madera, se construyó la iglesia catedral de piedra de la Asunción, donde apareció el ícono de la Madre de Dios de Yakhroma. El zar Alexéi Mijáilovich asignó 300 rublos y 100 puds de hierro para la construcción. En la catedral reposaban las reliquias del venerable Kósma. La iglesia fue renovada en 1837 bajo el igumen Kíprian, y en 1867 se instaló un nuevo iconostasio y se realizó una pintura bajo el igumen Naum. En 1906, se instaló calefacción en la catedral de la Asunción.

Durante la construcción de la nueva iglesia catedral de piedra de la Asunción, la antigua iglesia de madera en el monasterio desapareció. Esta iglesia, dedicada a la Gran Mártir Paraskeva, se menciona en los inventarios de la primera mitad del siglo XVII. En esta iglesia, según los inventarios de 1619 y 1635, reposaban las reliquias del fundador del monasterio, y en la propia iglesia se encontraba el relicario del milagroso Kósma, cubierto con su imagen. Probablemente, la nueva iglesia fue construida en el lugar de las dos iglesias de madera, la de la Asunción y la de Paraskeva.

En 1832, tras la canonización del santo Mitrofán de Vorónezh, se estableció un altar en su nombre sobre el refectorio de la iglesia de la Imagen No Hecha por Manos. En la parte sur del altar mayor de la iglesia de la Asunción, se renovó el altar en nombre del fundador del monasterio, el venerable Kósma de Yakhren. Se añadió un segundo piso sobre el cuerpo de las celdas de los igumenes y hermanos, y la iglesia de San Nicolás fue reconstruida.

Durante los años de la revolución y el poder soviético, el destino del monasterio de Kósma fue similar al de muchos monasterios e iglesias cerrados y desfigurados. Según los recuerdos de los habitantes locales, parte de los monjes abandonó el monasterio en 1918, probablemente debido a la falta de medios de subsistencia. El monasterio fue cerrado en 1923, y su complejo fue utilizado para las necesidades del nuevo poder. La "propiedad" fue "nacionalizada" y transferida al Museo Regional de Vladímir, que sacó todos los objetos valiosos.

Después de la formación del distrito de Nebylo en 1935, diversas organizaciones se establecieron en el monasterio. En la catedral de la Asunción se abrió un club, y más tarde un comedor y una panadería. Los habitantes locales contaban que el comedor se convertía en taberna por la noche. Los ancianos recuerdan cómo en 1936 se retiraron y rompieron las campanas: "Los hombres de Nebylo rompieron la gran campana de cien puds, y la gente se quedó y lloró". Más tarde, se destruyó el campanario y se derribaron las cúpulas que coronaban las iglesias del monasterio.

En 1995, el monasterio recibió el estatus de monasterio, confirmado por la resolución del Santo Sínodo del 27 de diciembre de 1996. En noviembre de ese mismo año, todo el complejo monástico fue devuelto a la diócesis de Vladímir. En la catedral de la Asunción reposan las reliquias del venerable Kósma.