La iglesia, consagrada en honor a San Juan Bautista, es conocida en Uglich gracias a la dramática historia de su creación. El templo de la Natividad de San Juan fue construido en dos años, entre 1689 y 1690, con los fondos del comerciante de Yaroslavl, Nikifor Grigorievich Chepolosov. Lo dedicó a la memoria de su hijo de seis años, que murió trágicamente a manos de un sirviente, el encargado Rudak. Este hombre secuestró al niño en el camino hacia su maestro y, odiando al comerciante, lo mantuvo cautivo durante dos semanas, tratando de forzarlo a renunciar a su padre. El niño mostró valentía y no reconoció al secuestrador como su padre, por lo que fue asesinado. Tras su muerte, ocurrieron varios milagros: el cuchillo cayó de la herida solo con la aparición del asesino, y el cuerpo del niño no sufrió descomposición. En sueños, el niño se apareció a sus padres, pidiendo que no ejecutaran al torturador, y este fue dejado con vida, pero, según la tradición, más tarde 'devorado por gusanos'. El templo fue dedicado a la memoria del pequeño mártir.

En la década de 1960, durante una reparación en el ábside norte de la iglesia, se descubrió accidentalmente una nicho con las incorruptas reliquias de Vania Chepolosov. Debido a la importancia del templo, se modificó el proyecto de construcción de una central hidroeléctrica en Uglich para no inundar la iglesia. La central se construyó finalmente río arriba del Volga. La iglesia fue cerrada en 1935 y utilizada para fines económicos. Entre 1961 y 1970, fue restaurada según el proyecto del arquitecto Semión Evguénievich Novikov. Las reliquias del niño fueron trasladadas más tarde a la iglesia de Korsun, donde se encuentran actualmente.

En 2007, el templo fue devuelto a la Iglesia Ortodoxa Rusa y entregado al monasterio de la Resurrección. Sin embargo, la mayor parte del tiempo está cerrado y solo se puede visitar desde el exterior. La iglesia tiene un gran valor histórico y artístico. Es una clásica iglesia de cinco cúpulas con capillas y un campanario sobre la puerta con un remate en forma de tienda, situada sobre un alto podio. El original pórtico de la iglesia está representado en la pintura de Nikolai Rerikh de 1904 'Uglich. Pórtico de la iglesia de San Juan Bautista'. Las fachadas del templo, al igual que en el monasterio de Alexeyevsky, están decoradas con coloridos azulejos. En 1840, el pintor de íconos de Uglich, Dmitri Grigorievich Burenin, pintó el templo.

La iglesia de San Juan Bautista impresiona por su belleza. Se ve magnífica tanto de lejos como contra el fondo de las paredes blancas del monasterio de la Resurrección. A la luz del sol, sus brillantes cúpulas y torres recuerdan a un palacio de cuento de hadas, y las paredes doradas se reflejan en la superficie azul del Volga.