Las primeras iglesias de madera en el lugar de la actual iglesia de la Natividad de Cristo aparecieron en el siglo XVII, cuando aquí se encontraba la aldea de Kóvrov, perteneciente al monasterio de Makáriev-Unzhén. En 1625, con la bendición del Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Filareto, el abad del monasterio, el igumen Zosima, trasladó a Kóvrov el antiguo edificio de la iglesia de la Trinidad con un altar en honor a los santos mártires Flora y Lavra. A principios del siglo XVIII, la iglesia de madera se había deteriorado, y el 11 de octubre de 1715 comenzó la construcción de una nueva. En dos años, la iglesia fue erigida y el 14 de febrero de 1717 fue consagrada por el abad del monasterio, el igumen Leontiy Pavlov. La principal reliquia se convirtió en el ícono de la Madre de Dios de Tikhvin, pintado por el famoso iconógrafo ruso Kornili, conocido en el mundo como Kiril Ulanov. La nueva iglesia fue consagrada en honor a este ícono.

Después de la revolución de 1917, la "vieja catedral" adquirió un papel especial en la vida de la región de Makáriev. A principios de la década de 1920, las autoridades entregaron la catedral de Tikhvin y la catedral de Alejandro Nevski a los renovacionistas, y en 1929 cerraron el monasterio de Makáriev-Unzhén. En la década de 1930, la iglesia de la Natividad de Cristo seguía siendo la única iglesia en funcionamiento en Makáriev. En 1937, el último abad de la iglesia, el sacerdote Alexander Vasilyevich Volodin, fue arrestado y fusilado, tras lo cual la iglesia fue cerrada. En 1945, después de numerosas solicitudes de los habitantes de Makáriev, la iglesia fue devuelta a los creyentes, y en septiembre de ese mismo año se reanudaron los servicios religiosos. Así, se convirtió en la única iglesia en funcionamiento en el distrito de Makáriev. Desde 1992 hasta su entrega en 1994 al monasterio femenino de Makáriev-Unzhén, en la iglesia se encontraban las reliquias del venerable Macario de Unzhén, el milagroso.