Después de la consagración del templo de la Natividad de Cristo, el venerable Serafim se dirigió a M.V. Manturov con un comentario: "¡Tú y yo, padre, hemos construido un templo en honor a la Natividad del Salvador, pero no tenemos una iglesia en honor a la Virgen! La Reina del Cielo se ha enojado conmigo, el pobre Serafim, y dijo: '¡Has honrado a Mi Hijo, pero Me has olvidado!' Por eso pensé, padre, ¿por qué no hacer otra iglesia debajo del templo? Esfuérzate, padre, y tendremos dos iglesias". El venerable dio un hilo para medir, diciendo que si la excavación debajo del templo de la Natividad de Cristo coincidía con la medida, allí debía construirse la iglesia en honor a la Natividad de la Madre de Dios. La excavación resultó ser precisa, pero el techo era bajo y requería columnas de soporte, y la iglesia resultaba pequeña. Manturov pidió consejo a Serafim, quien, lleno de alegría, exclamó: "¡Cuatro columnas, eso significa que aquí reposarán las reliquias! ¡Esto será una tumba para las reliquias, padre!" En el año 2000, aquí realmente se organizó una tumba para las reliquias de las santas mujeres de Diveevo, Alexandra, Martha y Elena.

La construcción de la iglesia en honor a la Natividad de la Virgen se completó en el verano de 1830. El 8 de septiembre, el archimandrita Joaquín del monasterio de la Anunciación consagró el templo, llegando a Diveevo a pesar de la epidemia de cólera. El iconostasio en la iglesia era de un solo nivel, similar al de la Natividad de Cristo, pero pintado de color verde, con la Crucifixión en las puertas reales. El templo era cálido, y el suelo en la iglesia inferior estaba decorado con azulejos de cerámica de colores, formando un ornamento que recordaba a una alfombra.

Después del cierre del monasterio, se utilizó la iglesia como almacén. La reconsagración de la iglesia inferior tuvo lugar el 21 de octubre de 1992, y en 1993 se realizó la primera tonsura monástica después de la apertura del monasterio.

Por mandato del venerable Serafim, en la iglesia arde constantemente una lámpara junto al ícono de la Natividad de la Virgen, y las hermanas leen el Salterio sin cesar. En 2008, se añadieron capillas a la iglesia en honor al Arcángel Miguel y a los mártires reales. En los altares de las capillas inferiores se han dispuesto las tumbas de Mikhail Vasilyevich Manturov y del confesor de las hermanas de Diveevo, el protoiereo Vasily Sadovsky.

El templo está decorado con frescos del artista moscovita Konstantin Okhotin, dedicados a la vida terrenal de la Santísima Virgen y a la historia del monasterio de Diveevo. Las capillas están pintadas por artistas del taller de Nizhni Nóvgorod "Arca".