La primera mención de la iglesia de la Protección de la Santísima Virgen en Rostov data de 1609. En ese momento era de madera, pero tras un gran incendio, los comerciantes de la ciudad decidieron restaurarla. La construcción de una nueva iglesia de piedra comenzó en 1795 y se completó en 1803. La iglesia estaba situada en la esquina del callejón Preobrazhensky y la calle Pokrovskaya, se distinguía por sus cinco cúpulas doradas y su hermosa campanario, y se consideraba una de las iglesias parroquiales más ricas. Tenía dos capillas: de los apóstoles Pedro y Pablo y de San Nicolás.

A mediados del siglo XIX, la decoración de la iglesia era una de las más ricas en Rostov, y entre sus feligreses, A.A. Titov y M.M. Pleshanov, se desató una verdadera competencia por el derecho a embellecer la iglesia. En la época soviética, la iglesia fue cerrada, las cúpulas destruidas, las iconos entregadas a un museo, y el edificio se utilizó como almacén y luego como comedor. En 1998, la iglesia, en mal estado, fue entregada a la Iglesia Ortodoxa Rusa, y el sacerdote Dimitri Sannikov se convirtió en su rector.

Comenzaron los trabajos de restauración en la iglesia, y el padre Dimitri se convirtió en su rector el 12 de abril de 2006. La iglesia se encontraba en un estado lamentable, y se requirieron muchos esfuerzos para llevarla a su estado actual. Las obras de reparación continúan: se ha realizado la iluminación, se ha reparado la calefacción, y gracias a los benefactores se está construyendo la cúpula central.

En la iglesia, los servicios se celebran con el canto Znamenny, lo que permite sentir el antiguo espíritu ruso de tranquilidad y alegría espiritual. En abril de 2007, la parroquia de la iglesia de la Protección decidió apadrinar la Escuela Pública Ortodoxa en nombre del venerable Abraham de Rostov, que opera bajo el principio de la educación en el hogar. La escuela fue inaugurada en 2001 en el Patio Patriarcal del monasterio de la Epifanía de Abraham y en 2014 celebró su 14º aniversario. En ella estudian alrededor de 35 niños anualmente, incluidos niños de familias de clérigos, familias numerosas y familias de bajos ingresos. El estudio de la Ley de Dios, el idioma eslavo eclesiástico y el canto eclesiástico complementa el programa escolar tradicional. En la escuela se valoran la compasión y la capacidad de empatizar, y aquí se educan niños con discapacidades, niños con necesidades educativas especiales y niños de familias adoptivas.