El templo fue establecido en el salón académico, donde anteriormente se llevaban a cabo pruebas públicas, y fue consagrado el 12 de febrero de 1870. Inicialmente, el templo académico era pequeño, y su altar estaba orientado hacia el sur, lo que contradecía la regla 91 del santo Basilio el Grande, según la cual durante la oración se debe mirar hacia el este, aspirando al antiguo paraíso que Dios plantó en Edén, al este.

Con el tiempo, comenzaron a aparecer rectores en la Academia de Moscú con el rango de obispo, y el servicio académico se volvió más solemne. Surgió la necesidad de ampliar el templo, y en 1892, cuando el rector era el archimandrita Antonio, el templo fue ampliado más del doble, y el altar fue orientado hacia el este. En su nueva forma, el templo fue consagrado el 20 de septiembre de 1892, poco antes de la celebración del 500 aniversario de la muerte del venerable Sergio.

Sin embargo, incluso en su forma renovada, el templo permaneció casi tanto tiempo como el original. Era bajo y oscuro, sin méritos arquitectónicos. En el verano de 1913, se construyó una nueva bóveda de hormigón armado sobre el templo, lo que lo hizo el doble de alto. Desde el 16 de noviembre de 1913, comenzaron los servicios en el templo reconstruido, pero le faltaba la belleza de un templo ortodoxo que correspondiera a la nueva altura del iconostasio y la pintura mural. Según los santos padres del Séptimo Concilio Ecuménico, la belleza de la iglesia, compuesta de imágenes pictóricas, sirve para asegurar la verdadera encarnación de la Palabra de Dios y es beneficiosa, ya que quienes contemplan las imágenes sagradas se inspiran en recuerdos y amor hacia los prototipos. Darle al templo la apariencia de una verdadera iglesia ortodoxa era especialmente importante en la víspera del centenario de la academia, que se planeaba celebrar con solemnidad. Sin embargo, la falta de fondos obstaculizaba el proceso. Desde el inicio de la reconstrucción de la bóveda, se comenzó a recurrir a benefactores privados, y luego a todos los antiguos alumnos de la academia con la solicitud de donaciones para el templo con motivo del aniversario. El protoiereo A.V. Gorski, al organizar el templo, también se dirigió a personas cercanas a la academia pidiendo ayuda para embellecer el templo. Los dones de estos antiguos alumnos aún adornan el templo académico.

A principios de 1914, se enviaron alrededor de mil llamados: "En 1914, la Academia Teológica de Moscú celebrará su centenario. Una de las necesidades urgentes es poner en condiciones adecuadas el templo académico. El templo reconstruido necesita utensilios, no hay un iconostasio que corresponda a la nueva altura, y la sacristía está en mal estado. La memoria de los antiguos alumnos de la academia vive en el templo, donde se recuerda a todos los que enseñaron y aprendieron, a los que gobernaron y sirvieron. Esta circunstancia nos da el valor de dirigirnos a todas las personas cercanas a la academia pidiendo que recuerden el templo y donen fondos para darle una apariencia digna".

No todos los alumnos de la academia recibieron el llamado, ya que la academia no sabe dónde viven y trabajan sus graduados. Sin embargo, comenzaron a llegar donaciones. La academia expresa su profunda gratitud a todos los donantes.

En junio de 1914, justo después de terminar las clases, comenzó la pintura de la bóveda y las paredes del templo. La pintura del altar fue asumida por el arquitecto Sergey Semenovich Makarov, y la bóveda y las paredes fueron pintadas por el artista de Petrogrado N.A. Protopopov, quien había terminado la Academia Teológica de Kazán. El templo está pintado en un nuevo estilo ucraniano, predominantemente vasnetsoviano, con escenas de la Catedral de Vladimir de Kiev. En la bóveda se representan las pinturas de Vasnetsov: "La Palabra de Dios", "La Crucifixión" y "Dios Sabaoth", y en los coros, "El Juicio Final". A los lados de la bóveda, "El Umbral del Paraíso", y en las esquinas, los evangelistas con sus símbolos. La cúpula está decorada con un ornamento bizantino y símbolos de los días de la creación, y en la parte superior, "El Salvador con el Evangelio". En la ventana sobre el iconostasio, tres ángeles. Las paredes están adornadas con imágenes de santos. Gracias al talento del artista, la pintura se distingue por su unidad y causa una fuerte impresión. En el altar, en el techo, "La Protección de la Santísima Virgen", en la pared, "El Sacramento de la Eucaristía", y a los lados, "El Nacimiento de Cristo", "La Colocación en la Tumba" y las imágenes del apóstol Santiago, los santos obispos Juan Crisóstomo, Basilio el Grande, Gregorio de Dos Palabras y otros.

El iconostasio ahora consta de tres niveles. En el nivel superior sobre las puertas reales, el ícono de "La Protección de la Virgen", que durante algunos servicios se baja al ambón.