Der Tempel wurde im akademischen Saal errichtet, wo zuvor öffentliche Prüfungen stattfanden, und am 12. Februar 1870 geweiht. Ursprünglich war der akademische Tempel klein, und sein Altar war nach Süden ausgerichtet, was dem 91. Regel des Heiligen Basilius des Großen widersprach, nach dem man während des Gebets nach Osten schauen sollte, um sich dem alten Paradies zuzuwenden, das Gott im Osten im Eden gepflanzt hat.

Im Laufe der Zeit begannen in der Moskauer Akademie Rektoren im Rang eines Bischofs zu erscheinen, und der akademische Gottesdienst wurde feierlicher. Es entstand die Notwendigkeit, den Tempel zu erweitern, und 1892, als der Rektor der Archimandrit Anton war, wurde der Tempel mehr als verdoppelt, und der Altar wurde nach Osten ausgerichtet. In seiner neuen Form wurde der Tempel am 20. September 1892 geweiht, kurz vor der Feier des 500. Jahrestages des Todes des heiligen Sergius.

Doch auch in der erneuerten Form stand der Tempel fast so lange wie der ursprüngliche. Er war niedrig und dunkel, ohne architektonische Vorzüge. Im Sommer 1913 wurde über dem Tempel ein neues Stahlbetondach errichtet, wodurch er doppelt so hoch wurde. Ab dem 16. November 1913 begannen die Gottesdienste im umgebauten Tempel, aber es fehlte ihm an der Schönheit eines orthodoxen Tempels, die der neuen Höhe des Ikonostase und der Wandmalerei entsprach. Nach den Worten der heiligen Väter des Siebten Ökumenischen Konzils dient die kirchliche Pracht, die aus malerischen Darstellungen besteht, zur Bestätigung der wahren Inkarnation des Wortes Gottes und bringt Nutzen, da die Betrachter der heiligen Bilder durch Erinnerungen und Liebe zu den Urbildern inspiriert werden. Es war besonders wichtig, dem Tempel das Aussehen eines echten orthodoxen Tempels zu verleihen, im Vorfeld des 100-jährigen Jubiläums der Akademie, das feierlich begangen werden sollte. Doch der Mangel an Mitteln hemmte den Prozess. Von Anfang an der Umgestaltung des Daches wurde an private Wohltäter appelliert, und später auch an alle ehemaligen Schüler der Akademie mit der Bitte um Spenden für den Tempel zum Jubiläum. Der Protopresbyter A.V. Gorski, der den Tempel errichtete, wandte sich ebenfalls an nahestehende Personen der Akademie mit der Bitte um Unterstützung bei der Verschönerung des Tempels. Die Gaben dieser alten Schüler schmücken bis heute den akademischen Tempel.

Anfang 1914 wurden etwa tausend Aufrufe verschickt: „Im Jahr 1914 wird die Moskauer Geistliche Akademie ihr 100-jähriges Jubiläum feiern. Eine der dringenden Bedürfnisse ist die Wiederherstellung des akademischen Tempels. Der umgebaute Tempel benötigt Geräte, es gibt keinen Ikonostase, der der neuen Höhe entspricht, und die Sakristei ist baufällig. Das Andenken an die ehemaligen Schüler der Akademie lebt im Tempel, wo alle Lehrer und Schüler, die gelehrt und gedient haben, erinnert werden. Dieses Umstand gibt uns den Mut, uns an alle nahestehenden Personen der Akademie zu wenden und sie zu bitten, an den Tempel zu denken und Mittel zu spenden, um ihm ein würdiges Aussehen zu verleihen.“

Nicht alle Schüler der Akademie erhielten den Aufruf, da die Akademie nicht weiß, wo ihre Absolventen leben und arbeiten. Dennoch begannen die Spenden einzutreffen. Die Akademie drückt allen Spendern ihren tiefen Dank aus.

Im Juni 1914, unmittelbar nach dem Ende des Unterrichts, begann die Malerei der Decke und Wände des Tempels. Die Malerei des Altars übernahm der Architekt Sergei Semjonowitsch Makarow, während die Decke und die Wände der Petersburger Künstler N.A. Protopopow, Absolvent der Kazaner Geistlichen Akademie, malte. Der Tempel ist im neuen Kiewer, überwiegend Wassenkow-Stil, mit Szenen aus der Wladimir-Kiewer Kathedrale bemalt. An der Decke sind Bilder von Wassenkow: „Das Wort Gottes“, „Die Kreuzigung“ und „Gott Sabaoth“, und in den Chören, „Das Jüngste Gericht“. An den Seiten der Decke, „Das Vorzimmer des Paradieses“, und in den Ecken, die Evangelisten mit Symbolen. Die Kuppel ist mit byzantinischen Ornamenten und Symbolen der Schöpfungstage bemalt, und oben, „Der Retter mit dem Evangelium“. Am Fenster über dem Ikonostase, drei Engel. Die Wände sind mit Darstellungen von Heiligen geschmückt. Dank des Talents des Künstlers zeichnet sich die Malerei durch Einheitlichkeit aus und hinterlässt einen starken Eindruck. Im Altar an der Decke, „Der Schutz der Heiligen Gottesmutter“, an der Wand, „Das Sakrament der Eucharistie“, und an den Seiten, „Die Geburt Christi“, „Die Beisetzung“ und Darstellungen des heiligen Apostels Jakobus, der Heiligen Johannes Chrysostomus, Basilius der Große, Gregor der Dialogus und anderer.

Der Ikonostase besteht jetzt aus drei Ebenen. In der oberen Ebene über den königlichen Toren, das Ikon „Der Schutz der Gottesmutter“, das während einiger Gottesdienste auf die Kanzel herabgelassen wird.