La catedral de San Nicolás es más antigua que la propia ciudad, ya que fue construida en 1766, mientras que Myshkin obtuvo el estatus de ciudad solo en 1777. Desde ese momento, la catedral de Nicolás se convirtió en la iglesia de la ciudad. Es sorprendente que en un pequeño pueblo, que aún no tenía estatus de ciudad, apareciera un edificio de piedra tan grande, y todo en solo tres años.

La historia de la construcción de la catedral es muy interesante. Alexander Petrovich Berezin, comerciante de primera guilda y alcalde de San Petersburgo, nació en una familia campesina en el pueblo de Yermeytsevo, cerca de Myshkin. Su padre era tan pobre que se vio obligado a empeñar un ícono de San Nicolás en la taberna local. Más de veinticinco años después, tras hacerse rico, Alexander recuperó el ícono y consideró un milagro que se hubiera conservado. En memoria de esto, Berezin construyó en Myshkin una iglesia con sus propios fondos. Se dedicó activamente a la caridad y construyó tres templos: además de la iglesia de Myshkin, fueron la iglesia de la Ascensión en Kruglitsy (actualmente Okhotino) y un templo en San Petersburgo.

La catedral de Nicolás fue construida entre 1766 y 1769, aunque hay datos que indican que en 1764 ya funcionaba como iglesia parroquial con altares en honor a los príncipes Boris y Gleb y Alexander Nevsky. Se desconoce el arquitecto del edificio, pero existe la versión de que el proyecto pudo haber sido desarrollado por P.Ya. Pankov.

La catedral está realizada en estilo clásico. El espacio principal del edificio es un cubo perfecto. En el lado oeste, se adosa una gran sala de comidas, junto a la cual alguna vez se erguió una imponente torre campanario. El edificio está adornado con un amplio tambor luminoso con grandes ventanas redondeadas, ricamente decorado con estuco y coronado con una cúpula con una pequeña cabeza de cebolla. Las fachadas están decoradas con pilastras dóricas y arcos, y las ventanas, con arcos simétricos y modestos. En los lados norte y sur, las fachadas están adornadas con columnas con frontones triangulares.

En el siglo XIX, se construyó una capilla en estilo de cúpula frente al templo, financiada por comerciantes locales tras el milagroso salvamento del emperador Alejandro III en un accidente de tren. Sin embargo, la capilla no ha llegado hasta nuestros días: fue destruida en la época soviética y en su lugar se erigió un monumento a Lenin.

El interior del templo se completó en 1777. El pintor Trofim Kashintsev y los talladores Korolev, sirvientes de los terratenientes Kozhin, crearon un magnífico iconostasio. Muchas iconos raros se perdieron durante las persecuciones a la iglesia.

En la década de 1830, tras la construcción de la nueva catedral de la Asunción, la catedral de Nicolás fue significativamente remodelada: aparecieron pórticos con columnas en las paredes sur y norte, y se modificó la cúpula. En la década de 1860, se reconstruyó completamente la torre campanario, que más tarde fue destruida.

El destino de la catedral de Nicolás durante la época soviética fue trágico. En la década de 1930, el edificio fue entregado a las autoridades culturales locales, y se desmanteló la torre campanario. En 1934, la catedral fue convertida en una institución cultural, y el 6 de noviembre de ese mismo año se celebró aquí el aniversario de la Revolución de Octubre. Debido a la prisa, no se lograron retirar dos fragmentos de la talla del iconostasio sobre el escenario. La última discoteca en este edificio se celebró el 18 de abril de 2003.

El 2 de mayo de 2003, la catedral fue devuelta a la Iglesia Ortodoxa Rusa. En el verano de ese año, se descubrió que la parte saliente del escenario estaba hecha de íconos del iconostasio. También se conservaron dos paneles laterales, uno de los cuales había guardado durante 96 años el ícono del Salvador "con la corona de espinas...". El 27 de marzo de 2004, se encontró en la catedral una placa conmemorativa, instalada el 1 de septiembre de 1835. Desde 2004, se han reanudado los servicios en la catedral de Nicolás.

Se han llevado a cabo trabajos de restauración a gran escala en la catedral. En 2010, el Patriarca de Moscú, Kirill, visitó el templo como parte de un viaje por la diócesis de Yaroslavl en honor al milenario de Yaroslavl. Deseó la ayuda de Dios a todos los que participan en la restauración de la catedral y regaló al templo un ícono del santo predicador Jonás de Kiev. Hoy en día, la iglesia de Nicolás en Myshkin es activa, pero sus interiores aún necesitan restauración.