Die Kathedrale des Heiligen Nikolaus ist älter als die Stadt selbst, da sie 1766 erbaut wurde, während Myshkin erst 1777 den Stadtstatus erhielt. Von diesem Zeitpunkt an wurde die Nikolauskirche zur Stadtkirche. Es ist erstaunlich, dass in einem kleinen Dorf, das damals noch keinen Stadtstatus hatte, ein so großes Steingebäude entstand, und das in nur drei Jahren.

Die Geschichte des Baus der Kathedrale ist sehr interessant. Alexander Petrowitsch Beresin, Kaufmann erster Gilde und Stadtoberhaupt von St. Petersburg, wurde in einer Bauernfamilie im Dorf Jeremejzewo, unweit von Myshkin, geboren. Sein Vater war so arm, dass er gezwungen war, das Ikone des Heiligen Nikolaus im örtlichen Wirtshaus zu verpfänden. Mehr als fünfundzwanzig Jahre später, nachdem er reich geworden war, kaufte Alexander die Ikone zurück und betrachtete es als ein Wunder, dass sie erhalten geblieben war. Zu Ehren dieses Ereignisses baute Beresin in Myshkin eine Kirche aus eigenen Mitteln. Er engagierte sich aktiv in der Wohltätigkeit und baute drei Kirchen: neben der in Myshkin waren dies die Auferstehungskirche in Kruglitsy (heute Okhotino) und eine Kirche in St. Petersburg.

Die Nikolauskirche wurde in den Jahren 1766-1769 erbaut, obwohl es Daten gibt, dass sie bereits 1764 als Pfarrkirche mit Altären zu Ehren der Fürsten Boris und Gleb sowie Alexander Newski errichtet wurde. Der Architekt des Gebäudes ist unbekannt, es gibt jedoch die Version, dass das Projekt von P.Ja. Pankow entwickelt worden sein könnte.

Die Kathedrale ist im klassischen Stil ausgeführt. Der Hauptbereich des Gebäudes stellt einen perfekten Würfel dar. An der Westseite schließt sich eine große Sakristei an, neben der einst ein imposanter Glockenturm stand. Das Gebäude wird von einer breiten Lichtkuppel mit großen runden Fenstern geschmückt, die reich mit Stuck verziert ist und von einer Kuppel mit einer miniaturhaften Zwiebelhaube gekrönt wird. Die Fassaden sind mit dorischen Pilastern und Archivolten geschmückt, während die Fenster bescheiden symmetrische Bögen aufweisen. An der Nord- und Südseite sind die Fassaden mit Säulen und dreieckigen Giebeln verziert.

Im 19. Jahrhundert wurde vor der Kirche eine Kapelle im Zeltstil erbaut, deren Mittel von lokalen Kaufleuten gespendet wurden, nachdem der Kaiser Alexander III. bei einem Zugunglück auf wundersame Weise gerettet wurde. Diese Kapelle hat jedoch bis heute nicht überlebt: In der Sowjetzeit wurde sie zerstört und an ihrer Stelle wurde ein Lenin-Denkmal errichtet.

Die Inneneinrichtung der Kirche entstand 1777. Der Maler Trofim Kashintsev und die Schnitzer Korolёvy, Leibeigene der Gutsbesitzer Kozhiny, schufen einen prächtigen Ikonostase. Viele seltene Ikonen gingen während der Verfolgungen gegen die Kirche verloren.

In den 1830er Jahren, nach dem Bau der neuen Uspenski-Kathedrale, wurde die Nikolauskirche erheblich umgebaut: An den südlichen und nördlichen Wänden wurden Portiken mit Säulen hinzugefügt, die Kuppel wurde verändert. In den 1860er Jahren wurde der Glockenturm vollständig umgebaut, der später zerstört wurde.

Das Schicksal der Nikolauskirche in der Sowjetzeit war tragisch. In den 1930er Jahren wurde das Gebäude den örtlichen Kulturbehörden übergeben, der Glockenturm wurde abgerissen. 1934 wurde die Kathedrale in eine Kultureinrichtung umgebaut, und am 6. November desselben Jahres wurde hier der Jahrestag der Oktoberrevolution gefeiert. Aufgrund der Eile wurden zwei Fragmente der Ikonostase über der Bühne nicht entfernt. Die letzte Diskothek in diesem Gebäude fand am 18. April 2003 statt.

Am 2. Mai 2003 wurde die Kathedrale an die Russisch-Orthodoxe Kirche zurückgegeben. Im Sommer desselben Jahres stellte sich heraus, dass der hervorstehende Teil der Bühne aus Ikonen der Ikonostase gefertigt war. Auch zwei Seitenpaneele blieben erhalten, von denen eines 96 Jahre lang das Bildnis des Erlösers "in der Dornenkrone..." bewahrte. Am 27. März 2004 wurde in der Kathedrale eine Grundsteinplatte gefunden, die am 1. September 1835 eingelegt worden war. Seit 2004 finden im Nikolauskirche wieder Gottesdienste statt.

In der Kathedrale wurden umfangreiche Restaurierungsarbeiten durchgeführt. Im Jahr 2010 besuchte der Moskauer Patriarch Kyrill die Kirche im Rahmen einer Reise durch das Bistum Jaroslawl anlässlich des 1000-jährigen Jubiläums von Jaroslawl. Er wünschte allen, die an der Wiederherstellung der Kathedrale beteiligt sind, Gottes Hilfe und schenkte der Kirche ein Bildnis des heiligen Predigers Jonas von Kiew. Heute ist die Nikolauskirche in Myshkin aktiv, aber ihre Innenräume bedürfen weiterhin der Restaurierung.