La primera mención de la iglesia en el lugar del actual templo data de 1547, cuando aquí había una iglesia de madera de la Santísima Trinidad en Viejos Kuznetsy. En 1625 se incendió, y en su lugar se construyó una iglesia de madera de Nicolás el Milagroso en Kotelniki. El nombre de la iglesia y del distrito está relacionado con los caldereros que vivían aquí, quienes fabricaban calderas para cocinar.

En 1657, los comerciantes Stroganov reemplazaron la estructura de madera por un templo de piedra, donde se estableció una cripta familiar. En 1688, la iglesia fue nuevamente reconstruida y se añadió un nuevo altar. El altar principal fue consagrado en honor al santo Nicolás, y el altar lateral, en honor a los venerables Zosima y Savvaty de Solovetsky. Con el tiempo, la iglesia se deterioró y sufrió gravemente en el incendio de 1812.

Entre 1822 y 1824, según el proyecto de O.I. Bové, se construyó una nueva iglesia en estilo imperio, financiada por el príncipe S.M. Golitsyn en memoria de los antepasados de los Stroganov. El templo se ubicó en la ladera de la colina Shvivaya y era visible tanto desde la orilla del río como desde el callejón a lo largo de la fachada. En el lado sur de la iglesia hay tres relieves: la entrada a Jerusalén, la adoración de los magos y la matanza de los inocentes.

En 1873, la viuda del diácono Evdokiya Vinogradova financió la creación de un nuevo altar en honor a la mártir Evdokiya en el comedor. En 1892, bajo la dirección del arquitecto N.P. Markov, se llevó a cabo otra reconstrucción del templo.

En la época soviética, en 1932, el templo fue cerrado, decapitado, parcialmente destruido y reconstruido, tras lo cual el edificio fue entregado a un laboratorio químico de la Administración de Geología.

Después de una restauración parcial en la década de 1970, la iglesia recibió el estatus de monumento arquitectónico y fue puesta bajo protección estatal.

Desde 1992, cuando el templo fue devuelto a la Iglesia Ortodoxa Rusa, comenzaron los trabajos de restauración y rehabilitación. En 1998, en el templo renacido, se abrió una representación de la Iglesia Ortodoxa de las Tierras Checas y Eslovaquia en Moscú. El 28 de octubre de 1998 tuvo lugar la Gran Consagración del templo, realizada por Su Santidad el Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexis II.