Die erste Erwähnung der Kirche an der Stelle des heutigen Tempels stammt aus dem Jahr 1547, als hier eine hölzerne Kirche der Heiligen Dreifaltigkeit in Alten Kuznetsy stand. 1625 brannte sie nieder, und an ihrer Stelle wurde eine hölzerne Kirche des heiligen Nikolaus in Kotelniky errichtet. Der Name der Kirche und des Viertels ist mit den hier lebenden Kesselmachern verbunden, die Töpfe zum Kochen herstellten.

Im Jahr 1657 ersetzten die Kaufleute Stroganov das hölzerne Gebäude durch einen steinernen Tempel, in dem eine Familiengruft eingerichtet wurde. 1688 wurde die Kirche erneut umgebaut, und ein neuer Seitenaltar entstand. Der Hauptaltar wurde zu Ehren des heiligen Nikolaus geweiht, und der Seitenaltar zu Ehren der heiligen Zosima und Savvati von Solovki. Im Laufe der Zeit wurde die Kirche baufällig und wurde stark durch den Brand von 1812 beschädigt.

In den Jahren 1822-1824 wurde nach dem Entwurf von O.I. Bove eine neue Kirche im Empire-Stil erbaut, finanziert von Fürst S.M. Golizyn zum Gedenken an die Vorfahren der Stroganovs. Der Tempel befand sich am Hang des Schwiva-Hügels und war sowohl vom Ufer des Flusses als auch von der Gasse entlang der Fassade sichtbar. Auf der Südseite der Kirche befinden sich drei Reliefs: der Einzug in Jerusalem, die Anbetung der Weisen und die Kindermord.

Im Jahr 1873 finanzierte die Witwe des Diakons Jewdokija Winogradova die Schaffung eines neuen Seitenaltars der Märtyrerin Jewdokija in der Sakristei. 1892 fand unter der Leitung des Architekten N.P. Markov eine weitere Umgestaltung des Tempels statt.

In der Sowjetzeit, im Jahr 1932, wurde der Tempel geschlossen, entweiht, teilweise zerstört und umgebaut, danach wurde das Gebäude an ein chemisches Labor des Geologischen Dienstes übergeben.

Nach einer teilweisen Restaurierung in den 1970er Jahren erhielt die Kirche den Status eines Architekturdenkmals und wurde unter staatlichen Schutz gestellt.

Seit 1992, als der Tempel an die Russische Orthodoxe Kirche zurückgegeben wurde, begannen die Arbeiten zur Wiederherstellung und Restaurierung. Im Jahr 1998 wurde in der wiederbelebten Kirche die Vertretung der Orthodoxen Kirche der Tschechischen Länder und der Slowakei in Moskau eröffnet. Am 28. Oktober 1998 fand die große Weihe des Tempels statt, die von Seiner Heiligkeit Patriarch Alexius II. von Moskau und ganz Russland geleitet wurde.