La iglesia de la mesa de San Nicolás es una construcción misteriosa e interesante del siglo XVI que aún no ha sido completamente estudiada. Su construcción comenzó casi al mismo tiempo que la Catedral de la Asunción en otoño de 1555, y la consagración tuvo lugar en 1556, como lo confirma la inscripción en el lienzo de lino que se ha conservado hasta principios de este siglo.

Inicialmente, la iglesia era un edificio cuadrado de una sola cúpula de piedra blanca de tipo pskovita con un techo a ocho aguas. Más tarde, la parte del altar fue reconstruida de ladrillo, y en su forma actual pertenece a la segunda mitad del siglo XVII, al igual que la decoración del vano de la ventana. En una breve descripción elaborada por Borisov y Kikín diez años después de la finalización de la construcción, se dice: "la iglesia de San Nicolás el Milagroso y la mesa son de piedra caliente, y debajo de ella hay 6 servicios, dos paredes de la mesa y con la iglesia de 14 sazhen, y dos paredes de diez sazhen, en la iglesia el frontón está cubierto con hierro alemán, en la mesa hay un pórtico de piedra de 6 sazhen de largo y 3 sazhen de ancho, debajo del pórtico hay una cocina de piedra".

Las paredes de la mesa y de la iglesia estaban construidas de piedra blanca labrada, de la cual también se construyó el campanario de cuatro niveles. Las características de la combinación del volumen del campanario, al que se accede por una empinada escalera interna, y el gablete oriental del templo indican que el campanario fue erigido algo después de la iglesia misma.

En la iglesia y en la gran sala de la mesa, consagrada por tres lados, había frescos. En el inventario de 1614 se mencionan imágenes realizadas con "pintura mural". La pintura mural del siglo XVI, descubierta por V.V. Chumakov en 1957 en una nicho de la pared exterior de la iglesia de San Nicolás, confirma que la pintura decoraba no solo el interior, como en la Catedral de la Asunción.