Existen dos versiones sobre el momento de la aparición del cementerio detrás de la Plaza del Mercado. Según el local historiador L.A. Banakin, las primeras sepulturas aquí aparecieron como resultado de las batallas con los interventores polacos entre 1609 y 1612, cuando los muertos eran enterrados cerca de las iglesias parroquiales. Otra versión sugiere que el cementerio surgió después de la epidemia de 1771. Hasta 1800, había una capilla de madera en el cementerio, y luego, gracias a donaciones, se construyó una iglesia de piedra en estilo clasicista, consagrada en honor a la icono de la Madre de Dios de Bogoliubsk. Pronto se levantó un muro de piedra con un campanario. La iglesia estaba adscrita a la catedral, y los servicios eran realizados por el clero de la catedral. En el cementerio del monasterio de la Asunción eran enterradas personas ricas, monjas y sacerdotes, mientras que en el de Bogoliubsk, personas comunes. Con el tiempo, aparecieron aquí hermosos monumentos que se convirtieron en obras de arte. Este lugar era frecuentado por Marina Tsvetaeva, quien lo mencionó en uno de sus poemas.

En 1895, en la "Descripción histórico-estadística de las iglesias", V.G. Dobronravov escribió que en la cuenta de la iglesia se habían depositado 5860 rublos, de los cuales se obtenían intereses por la conmemoración de los difuntos. En 1829, los comerciantes Mikhail Kalenov y Fyodor Baranov construyeron capillas en honor al gran mártir Teodoro Estratilata y a Santa Bárbara. El muro estaba decorado con una reja ornamental con cinco torres y puertas. La iglesia tenía tres altares: en honor a la icono de Bogoliubsk, Teodoro Estratilata y Santa Bárbara. La iglesia estaba suficientemente equipada con utensilios y libros, pero no tenía un clero separado.

Desde 1908, el anciano de la iglesia fue Nikolai Pervushin, galardonado con una medalla por su diligencia. En 1922, una comisión especial confiscó los valores de la iglesia, dejando 24 objetos en el templo. En 1929, las autoridades cerraron la catedral de la Natividad de Cristo, dejando la iglesia de Bogoliubsk, pero pronto también prohibieron los servicios allí. En abril de 1929, la iglesia fue registrada como renovacionista, y fue encabezada por Alexiy Rozhdestvenskiy. En 1934, las campanas fueron retiradas para las necesidades de la industria, y en 1936 se desmanteló el campanario. En 1937, comenzaron los arrestos de sacerdotes y feligreses activos, muchos de los cuales fueron fusilados. En 1939, la iglesia fue cerrada y los servicios se interrumpieron.

En 1941 se abrió un nuevo cementerio, pero en el antiguo continuaron enterrando a los fallecidos en hospitales. En los años posteriores a la guerra, los creyentes intentaron lograr la apertura de la iglesia, pero sin éxito. En 1946, la catedral de la Trinidad del monasterio de la Asunción fue entregada a los creyentes. En la década de 1990, la iglesia fue transferida a la diócesis de Vladimir, comenzó la restauración, y en 1998 se construyó un nuevo campanario. Los servicios se reanudaron, y la iglesia fue dirigida por varios sacerdotes.