Es gibt zwei Versionen über die Entstehung des Friedhofs hinter dem Basarplatz. Laut dem Heimatforscher L.A. Banakin entstanden die ersten Beisetzungen hier infolge der Kämpfe mit den polnischen Interventionisten in den Jahren 1609-1612, als die Verstorbenen bei den Pfarrkirchen beigesetzt wurden. Eine andere Version besagt, dass der Friedhof nach der Epidemie von 1771 entstand. Bis 1800 stand auf dem Friedhof eine hölzerne Kapelle, und dann wurde mit Spenden eine steinerne Kirche im klassizistischen Stil erbaut, die zu Ehren des Bildnisses der Gottesmutter von Bogoljubowo geweiht wurde. Bald darauf wurde eine steinerne Umfriedung mit einem Glockenturm errichtet. Die Kirche war dem Kathedralkirche zugeordnet, und die Gottesdienste wurden von der Kathedralklerus durchgeführt. Auf dem Friedhof des Uspenski-Klosters wurden reiche Menschen, Nonnen und Priester beigesetzt, während auf dem Bogoljubowski-Friedhof einfache Leute beerdigt wurden. Im Laufe der Zeit entstanden hier schöne Denkmäler, die zu Kunstwerken wurden. Dieser Ort wurde von Marina Zwetajewa geliebt, die ihn in einem ihrer Gedichte erwähnte.

Im Jahr 1895 schrieb V.G. Dobronravov in der "Historisch-statistischen Beschreibung der Kirchen", dass auf das Konto der Kirche 5860 Rubel eingezahlt wurden, wovon Zinsen für das Gedenken an die Verstorbenen erhalten wurden. Im Jahr 1829 bauten die Kaufleute Michail Kalenow und Fedor Baranow Altäre zu Ehren des heiligen Märtyrers Theodor Stratilat und der heiligen Barbara. Die Umfriedung war mit einem dekorativen Gitter mit fünf Türmchen und Toren geschmückt. In der Kirche gab es drei Altäre: zu Ehren des Bogoljubowski-Bildnisses, Theodor Stratilat und der heiligen Barbara. Die Kirche war ausreichend mit Utensilien und Büchern ausgestattet, hatte jedoch keinen eigenen Klerus.

Seit 1908 war Nikolai Perwushin der Kirchensprecher, der mit einer Medaille für Eifer ausgezeichnet wurde. Im Jahr 1922 beschlagnahmte eine spezielle Kommission die kirchlichen Werte und ließ 24 Gegenstände in der Kirche. 1929 schlossen die Behörden die Christgeburt-Kathedrale und ließen die Bogoljubowski-Kirche, aber bald wurden auch dort die Gottesdienste verboten. Im April 1929 wurde die Kirche als reformierte registriert, und sie wurde von Alexij Rojdestvenski geleitet. 1934 wurden die Glocken für industrielle Zwecke abgenommen, und 1936 wurde der Glockenturm abgerissen. 1937 begannen die Festnahmen von Geistlichen und aktiven Gemeindemitgliedern, von denen viele erschossen wurden. 1939 wurde die Kirche geschlossen, und die Gottesdienste wurden eingestellt.

1941 wurde ein neuer Friedhof eröffnet, aber auf dem alten wurden weiterhin die Verstorbenen aus den Krankenhäusern beigesetzt. In den Nachkriegsjahren versuchten die Gläubigen, die Kirche zu öffnen, aber ohne Erfolg. 1946 wurde die Dreifaltigkeitskathedrale des Uspenski-Klosters den Gläubigen übergeben. In den 1990er Jahren wurde die Kirche der Wladimirer Diözese übergeben, die Restaurierung begann, und 1998 wurde ein neuer Glockenturm erbaut. Die Gottesdienste wurden wieder aufgenommen, und die Kirche wurde von verschiedenen Priestern geleitet.