Das Woronescher Gubernialmuseum wurde am 9. (21.) September 1894 eröffnet, und sein erster Direktor war Stefan Egorowitsch Zverev. Das Museum wurde in drei Räumen im zweiten Stock des alten Gebäudes der Stadtverwaltung untergebracht, das sich heute in der Plechhanowskaja, 3 befindet. Zur Organisation des Museums wurde eine Kommission aus Mitgliedern des Statistischen Komitees gebildet, zu der F. D. Tschertkow (Vorsitzender), E. L. Markow, W. N. Koljubakin, W. K. Sadler, K. K. Fedjajewski, M. S. Kartaschow, S. E. Zverev, K. Smirnow und M. P. Parenago gehörten. Zum Zeitpunkt der Eröffnung zählte das Museum etwa 2400 Exponate, die auf verschiedene Abteilungen verteilt waren: Naturkunde, Ethnographie, Archäologie, Numismatik, historische Geographie und Bibliothek.

Nach der Eröffnung wurden die Sammlungen weiter ergänzt, und archäologische Ausgrabungen wurden ein wichtiger Teil seiner wissenschaftlichen Arbeit. Es wurden Forschungen zu den Hügelgräbern im Dorf Masurki im Neochoperski-Bezirk, der alten Mayatskaja-Siedlung beim Divenogorski-Kloster, der „Chasarskaja“-Siedlung bei Woronesch und den „Häufigen Hügelgräbern“ durchgeführt. Im Jahr 1911 gelang es dem Museum dank wertvoller Funde aus den „Häufigen Hügelgräbern“, ein neues Gebäude, den „Woronescher Palast“ (heute Prospekt Revoljuzji, 18), zu erhalten.

Die Erste Weltkrieg, Revolutionen und der Bürgerkrieg verhinderten jedoch eine Umgestaltung der Räumlichkeiten. Die Mitarbeiter des Museums konzentrierten sich darauf, das Eigentum aus den verwüsteten adligen Anwesen der Woronescher Provinz zu retten. In den 1930er Jahren wurde die Arbeit zur Auffüllung der Bestände fortgesetzt.

Bis 1941 umfassten die Sammlungen des Kraevied-Museums etwa hunderttausend Objekte. Der Große Vaterländische Krieg fügte der Stadt und den Museen enormen Schaden zu. Nur ein kleiner Teil der Bestände wurde nach Kasachstan und Sibirien evakuiert, die übrigen Sammlungen gingen größtenteils verloren. Im Jahr 1943 nahm das Museum die Arbeit im Gebäude des Antireligiösen Museums wieder auf, das zusammen mit dem Revolutionären Museum im Kraevied-Museum vereint wurde. 1948 erhielt das Museum sein ehemaliges Gebäude zurück, in dem auch das Museum für Bildende Kunst untergebracht wurde. 1959 erhielt das Museum ein separates Gebäude in der Plechhanowskaja Straße, wo es sich bis heute befindet.

Die Hauptausstellung des Museums befindet sich in einem Gebäude, das ein Objekt des kulturellen Erbes regionaler Bedeutung aus dem frühen 20. Jahrhundert ist, der „Schule für Blinde“. Ende des 19. Jahrhunderts gehörte dieses Gebiet zum Anwesen des Kaufmanns A. N. Klochkow. Das Gebäude wurde 1902-1904 als guberniales Institut für blinde Kinder erbaut, das dem Mariinski-Verein für Blinde gehörte. N. A. Klochkow schenkte das Anwesen der Stadt zur Gründung des Instituts, auf dessen Gelände mit Spenden das Gebäude errichtet wurde. Es gab Schlafräume, Klassenräume, eine Bibliothek, einen medizinischen Isolator und Räume für Lehrer. Im zentralen Saal befand sich die Kirche der Maria von Ägypten mit einem Ikonostas, der vom Künstler Borzow geschaffen wurde. Eines der Ikonen wurde von Ioann von Kronstadt geschenkt. Bis 1941 fungierte das Institut als „Schule für Blinde“. Nach der Befreiung Woroneschs beherbergte das Gebäude bis 1959 das Oblastkomitee, danach wurde das Gebäude dem Kraevied-Museum übergeben.

In den 1970er und 1980er Jahren erweiterte das Museum seine Struktur: 1978 wurde eine Filiale im Haus des Clowns und Tierdressers A. L. Durow eröffnet, und 1983 wurde im Gebäude „Arsenal“ die Ausstellung „Woronesch in den Jahren des Großen Vaterländischen Krieges“ eröffnet. 1987 wurde anlässlich des 70. Jahrestages der Oktoberrevolution die Hauptausstellung zur Geschichte der Region Woronesch eröffnet, und das Museum erhielt das Gebäude in der Prospekt Revoljuzji, 22 („Haus des Gouverneurs“). Selbst in den schwierigen 1990er Jahren feierte das Museum sein 100-jähriges Bestehen und setzte seine aktive Tätigkeit fort.