Sergej Jewgenjewitsch wurde am 26. Februar 1890 in Moskau geboren. Sein Vater gehörte zum Fürstenhaus Trubetskoy, und seine Mutter war Fürstin Scherbatowa. So vereinten sich in Sergej zwei bekannte Fürstendynastien, die Russland über viele Jahrhunderte dienten.

Von Kindesbeinen an zeigte Sergej Jewgenjewitsch außergewöhnliche Fähigkeiten im Lernen und ein Streben nach Wissen. Er schloss die 7. Moskauer Gymnasium mit einer goldenen Medaille ab und immatrikulierte sich an der philosophischen Fakultät der historischen und philologischen Abteilung der Moskauer Universität.

Trotz seiner Jugend war der 24-jährige Fürst zu Beginn des Ersten Weltkriegs bereits zum Abgeordneten der Adelsversammlung der Kaluga-Region gewählt worden. Mit Beginn des Krieges strebte er an, als Freiwilliger an die Front zu gehen, wurde jedoch aufgrund seines Gesundheitszustands nicht in die aktive Armee aufgenommen.

Bis zur Februarrevolution 1917 diente der junge Fürst Trubetskoy in einem Sanitätszug, fuhr in die Frontzone und half den Verwundeten. Nach der Absetzung des Kaisers und dem Zerfall der russischen Armee kehrte Sergej Jewgenjewitsch nach Moskau zurück, wo er an der Untergrundbekämpfung der Bolschewiki teilnahm.

1920 wurde Trubetskoy verhaftet. In den Moskauer Gefängnissen wurde er gefoltert und zum Tod verurteilt, das Urteil wurde jedoch in 10 Jahre Haft in einem besonderen Regime umgewandelt. Sein Leben hätte jederzeit enden können, aber dank der Fürsprache von Wissenschaftlern wurde er zur Arbeit an der Lomonossow-Universität versetzt.

1922 wurde er erneut verhaftet. Zu dieser Zeit schickten die Bolschewiki alle, die der sowjetischen Macht nicht genehm waren, ins Ausland, und auch Trubetskoy wurde gezwungen, einen Antrag auf Ausreise zu unterschreiben.

Im Exil setzte der Fürst seinen Kampf für die Befreiung seiner Heimat von den Bolschewiki fort. Trubetskoy wurde der engste Verbündete der Generäle Kutepow und Miller, die abwechselnd den Russischen Allgeinem Militärbund leiteten und schließlich von den Bolschewiki ermordet wurden.

Sergej Jewgenjewitsch war aktiv in der Publizistik tätig und hinterließ seine Memoiren "Die Vergangene". Er starb am 24. Oktober 1949 im französischen Clamart.