Einst war das alte Dorf Velikaya Sloboda, das später zur kaiserlichen Residenz von Iwan dem Schrecklichen wurde, in den folgenden Jahren zu Alexandrow Sloboda mit dem Heilig-Übertragungs-Frauenkloster geworden, das zur Zierde der Kreisstadt Alexandrow, gegründet im 18. Jahrhundert, wurde. Die erste Erwähnung von Velikaya Sloboda findet sich in der Urkunde des Fürsten Jurij Dmitrijewitsch aus dem Jahr 1434. Zu Beginn des 15. Jahrhunderts war dies ein Verwaltungszentrum, in dem Vertreter der fürstlichen Verwaltung lebten. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts verschwand der Name "Velikaya Sloboda" und das Dorf Alexandrowskoje entstand, möglicherweise aufgrund eines Feuers, das die frühere Siedlung zerstörte. In der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts diente das Dorf Alexandrowskoje als Raststation bei kaiserlichen Reisen zu den Klöstern. Um 1635 wurde für Zar Michail Fjodorowitsch ein hölzerner Palast "Oberhalb der drei Lebensgeschichten" erbaut. Doch aufgrund von Vernachlässigung brannte er nieder und wurde nicht wiederhergestellt. In den unruhigen Zeiten der Herrschaft von Alexej Michailowitsch beschlossen die Kaufleute, ein Frauenkloster auf den Ruinen der "bluttrinkenden Stadt" zu gründen und wandten sich um Unterstützung an den Hieromönch Lukian.

Im Museum wird die "Chronik der Gründung des Heilig-Übertragungs-Klosters" aufbewahrt, die zu Beginn des 18. Jahrhunderts von einer unbekannten Nonne verfasst und später von I. Zubow abgeschrieben wurde. Darin werden die Ereignisse der ersten Jahre des Klosterlebens detailliert beschrieben. Im Jahr 1650 legte der Baumeister Lukian mehrere Frauen zu Nonnen und sie lebten in der Pfarrkirche der Geburt Christi. Die Einheimischen murrten über sie, da es das Kloster noch nicht gab. Die Epitaffie auf dem Grabstein von Lukian erzählt, wie die Kaufleute aus Alexandrow Sloboda ihn überzeugten, ein Kloster an der Stelle der verwahrlosten Kirche der Himmelfahrt der Gottesmutter zu gründen. Zar Alexej Michailowitsch erlaubte den Bau des Klosters auf eigene Kosten. Zunächst versammelten sich sieben Nonnen. Die Heilig-Übertragungs-Kirche war damals die Hauskirche von Fürst Wassili III.

Laut der Klosterchronik begann der Steinbau am 15. April 1650 mit der Renovierung der Heilig-Übertragungs-Kirche und dem Bau von sieben Zellen. In den 60er Jahren des 17. Jahrhunderts wurden die Wände und Ecktürme errichtet. Im Jahr 1654 gab es im Kloster 18 Nonnen, aber eine Pestepidemie reduzierte ihre Zahl. Im September 1655 starb der Gründer des Klosters, Hieromönch Lukian. Die Nonnen litten unter Schwierigkeiten von den Einheimischen und "vom Teufel". Ab 1662 wurde Hieromönch Kornilij zum Seelsorger, der fast zwanzig Jahre lang den Bau des Klosters leitete. Die bestehenden sieben Zellen wurden abgerissen und ein einstöckiges Steingebäude wurde errichtet. Für den Bau wurden Materialien von abgerissenen Palästen aus der Zeit Iwans des Schrecklichen verwendet.

Während der Bauzeit entstanden im Kloster verschiedene Räumlichkeiten, darunter Kammern und Werkstätten. Bis 1681 wurde an das nördliche Seitenschiff der Heilig-Übertragungs-Kirche eine gewölbte Kammer angebaut. Die Bauarbeiten wurden von "königlichen Arbeitern" und einer Steinmetzgemeinschaft durchgeführt. Mit der Ausweitung des Baus benötigte das Kloster Arbeitskräfte, und Kornilij ergänzte die Mönchsgemeinschaft. Im Jahr 1670 gab es im Kloster 140 Nonnen, die beim Bau halfen. Die Mönche des Lukjanow-Klosters waren über Kornilij verärgert, weil er sein Kloster für das Frauenkloster verlassen hatte. Die Äbtissin Anisja bewies die Unhaltbarkeit der Gerüchte über Kornilij, und der Patriarch erlaubte ihm, in Sloboda zu wohnen. Kornilij wurde aus dem Frauenkloster umgesiedelt und lebte in einem Haus vor dem östlichen Tor.

Die Klostermauer nahm zwei Drittel der Fläche des kaiserlichen Kremls ein. In den Mauern gab es Schießscharten und Spalten zum Gießen von Harz. Die Mauer wurde in zwei Phasen gebaut. Nach dem Befehl von Zar Alexej Michailowitsch wurde die östliche Wand abgerissen und die nördlichen und südlichen Wände verlängert. Im Jahr 1661 wurde neben dem Michailowski-Palast eine hölzerne Kirche der Erscheinung Gottes erbaut, die von den Bauern abgerissen und in ihr Dorf gebracht wurde. Im Jahr 1698 wurde an dieser Stelle eine Steinkirche erbaut, das einzige Beispiel des frühen Barock in Alexandrowskoje. Unter Kornilij wuchs das Kloster erheblich und wurde wohlhabend. Zar Fjodor Alexejewitsch übergab dem Kloster Mühlen und Land. Während der Herrschaft von Fjodor Alexejewitsch erhielt das Kloster jährlich Gehalt für 200 Nonnen.

Im Jahr 1694 schenkte Natalja Kirillowna dem Kloster ein Reliquienkreuz. Nach der Niederschlagung des Aufstands von 1689 wurde die Schwester von Peter, die Zarewna Marfa Alexejewna, ins Kloster gebracht, die zur Nonne geschoren wurde. Sie lebte neun Jahre im Kloster. Während der Herrschaft von Anna Ioannowna wurden die Überreste der Zarewna-Nonne unter die Kirche der Begegnung des Herrn übertragen. Auch andere adlige Frauen wurden wegen Vergehen ins Kloster gebracht. Im Jahr 1727 wurde Varvara Arsenjewna, die Schwiegertochter von Fürst Menshikov, gebracht. Nach dem Tod von Elisabeth Petrowna war ihr Palast verlassen.

Mit der Gründung der Stadt Alexandrow unter Katharina der Zweiten wurde der Palast dem ersten Stadtoberhaupt Iljin übergeben, aber er brannte nieder. Alexandrow Sloboda blieb ein kaiserliches Lehen, was ihre Entwicklung hemmte. Der Fluss teilte die Stadt in zwei Teile: Am rechten Ufer war das Verwaltungszentrum, am linken das Heilig-Übertragungs-Kloster. Die weiße Mauer des "Alexandrow-Kremls" mit vier Türmen erhob sich auf einem Hügel und spiegelte sich im Wasser des Flusses Sera. Über den Kuppeln erhob sich das Zelt der Kreuzigungs-Kirche-Glockenturm, der von vielen Punkten der Stadt sichtbar war.