Das Troitzky Frauenkloster wurde 1643 von dem wohlhabenden Muromer Kaufmann Tarasij Borisow, bekannt als Bogdan Zwetnoj, anstelle einer hölzernen Kirche gegründet. Der Legende nach baute Fürst Konstantin, der das Muromer Land taufte, hier auf dem "Alten Wyschnij Gorodischtsche" die erste hölzerne Kirche zu Ehren von Boris und Gleb. Später wurde an dieser Stelle die hölzerne Troitzkaja-Kirche errichtet. In einer Beschreibung aus dem Jahr 1636 wird erwähnt, dass sie gegenüber dem Blagoweschtschenski-Kloster lag und aus Holz mit einem Zeltdach, einem eisernen Haupt und einem Kreuz bestand. In der Kirche gab es eine Kapelle für Boris und Gleb sowie kirchliche Gefäße und Gewänder, die alle von dem Muromer Kaufmann Boris Semjonow und seinem Sohn Bogdan erbaut wurden. 1642 begann man am Standort der alten hölzernen Kirche mit dem Bau einer steinernen, und ein Jahr später wurde die Kathedrale im Namen der Lebendigmachenden Dreifaltigkeit errichtet. Der bis heute erhaltene Grundstein bezeugt den Abschluss des Bauwerks im August 1642 dank der Bemühungen von Tarasij Borisow.

Im Jahr 1643 erhielt Bogdan Zwetnoj die Genehmigung des Bischofs von Rjasan und Murom zur Gründung eines Frauenklosters anstelle der Troitzkaja-Gemeinde. 1648 wurde über dem Heiligen Tor eine Kirche im Namen der Kazan-Ikone der Gottesmutter erbaut. 1652 wurde der Bau des mehrstöckigen Glockenturms abgeschlossen, was das architektonische Erscheinungsbild des Klosters endgültig prägte. Die Hauptreliquie wurde das Wilenskij Kreuz, das mit dem Namen Bogdan Zwetnoj verbunden ist.

Im Jahr 1663 erhielt das Kloster ein Dekret des Zaren Alexei Michailowitsch, das es von Steuern befreite. 1764 lebten im Kloster 15 Nonnen, und Nonnen aus aufgelösten Klöstern wurden hierher verlegt. 1786 wurde die Vorhalle und die Galerie der Kathedrale zur Erweiterung umgebaut. 1792 zerstörte ein Brand alle Zellen, und 1805 brannte die hölzerne Umzäunung nieder. 1807 begann mit Mitteln der Witwe Alexandra Dmitrijewna Neimanowa der Bau einer neuen steinernen Umzäunung, der 1808 abgeschlossen wurde. 1810 wurde die Dreiholzkapelle der Kathedrale umgebaut. 1865 wurde mit Mitteln von Alexei Wasiljewitsch Ermakow eine steinerne Kapelle erbaut, und die Kuppeln der Kathedrale und des Glockenturms wurden vergoldet. 1885 wurde der Bau eines zweiten Stocks über der warmen Kapelle genehmigt. 1898 wurde ein steinernes Gebäude errichtet, in dem 1899 eine weibliche kirchliche Grundschule eröffnet wurde, die 1902 zur zweiklassigen Schule wurde.

Im Jahr 1918 wurde das Kloster geschlossen, und seine Gebäude wurden für verschiedene Zwecke genutzt. In den 1930er Jahren stand das Kloster unter der Verwaltung des Militärs, und seine Gebäude wurden als Lager genutzt. 1941 wurde das Gebäude der Kathedrale in eine Schuhmacherei umgewandelt. 1961-1962 wurde eine kosmetische Restaurierung durchgeführt. In den 1970er Jahren wurde das Ensemble des Klosters als Denkmal von republikanischer Bedeutung anerkannt. Am 15. Mai 1991 wurde das Kloster an die Russische Orthodoxe Kirche übergeben und wurde das erste Frauenkloster, das in der Wladimirer Diözese eröffnet wurde.

Seit 2001 gibt es im Kloster das Alten- und Pflegeheim "Nadeschda" für Minderjährige und Senioren. Das Kloster unterstützt auch mehrere Gefängnisse, eine Jugendstrafanstalt, eine Militäreinheit und die Muromer Gesellschaft der Rollstuhlfahrer "Phoenix".