Die erste Erwähnung des Spaso-Transfiguration Klosters findet sich in der Novgoroder ersten Chronik aus dem Jahr 1192: "In demselben Jahr wurde in Rusa eine Kirche auf der Insel erbaut, Abt Martirij im Namen der heiligen Verklärung, und es wurde ein Kloster gegründet, das zur Zuflucht für Bauern und Christen wurde." Dieser Eintrag ist der erste unter den regelmäßigen chronistischen Belegen über Staraja Russa, obwohl Rusa bereits 1167 in der Chronik erwähnt wurde. Im Eintrag steht, dass das Kloster "auf der Insel" gegründet wurde, obwohl das Gebiet, auf dem sich das Kloster befindet, heute keine Insel mehr ist. Eine vorrevolutionäre Beschreibung des Klosters legt nahe, dass der Bach Voje, der die Stadt von Osten umfließt und hinter dem Kloster in den Fluss Polist mündet, früher eine Insel bildete. Im Jahr 1194 brannte das Kloster zusammen mit anderen Gebäuden in Rusa nieder. 1198 baute sein Gründer, der zum Erzbischof wurde, Martirij, darin eine Steinkathedrale.

Das ursprüngliche Erscheinungsbild der Spaso-Transfiguration Kathedrale ist nicht erhalten geblieben, und heute kann es nur anhand archäologischer Forschungen vorgestellt werden. Laut diesen war der Tempel typisch für die novgorodische Architektur jener Zeit: fast quadratisch, mit vier Säulen, drei Eingängen und dreigeteilten Wänden. Er ähnelte den Kirchen des Spas auf Neredica und von Peter und Paul auf Silnica, unterschied sich jedoch durch einen Treppenturm an der nordwestlichen Ecke, was für novgorodische Tempel des späten 12. Jahrhunderts eine Seltenheit war.

Bis zur Mitte des 15. Jahrhunderts war die Kathedrale baufällig, und 1442 wurde sie unter Abt Ioann fast vollständig umgebaut, wobei die alten Wände abgerissen wurden. Initiator des Umbaus war der novgorodische Herrscher Euphimius II, der den Tempel nach Abschluss der Bauarbeiten weihte. Die Kathedrale erhielt ein dreigeteiltes Dach, das für novgorodische Kirchen jener Zeit charakteristisch war, und wurde zweigeschossig. In dieser Form blieb sie bis ins 17. Jahrhundert erhalten. In der Zeit der Wirren, als Staraja Russa von schwedischen Truppen besetzt war, wurde das Kloster verwüstet und die umliegenden Höhlen verbrannt.

Später wurde die Kathedrale als Getreidespeicher genutzt und befand sich zu Beginn des Krieges in einem beklagenswerten Zustand. Während der Besatzung war in den erhaltenen Gebäuden die deutsche Kommandantur untergebracht. In den 1960er Jahren begann die Restaurierung des architektonischen Ensembles zum 800. Jahrestag von Staraja Russa. Die Fenster des unteren Geschosses im Stil des 15. Jahrhunderts wurden wiederhergestellt, und an der Südseite wurde auch ein Fenster des zweiten Geschosses rekonstruiert. An der Südseite sind zwei Fensterrahmen mit "zerbrochenen" Giebeln erhalten geblieben, die für die novgorodische Architektur des späten 17. Jahrhunderts charakteristisch sind. Bei der Restaurierung der Altarapsiden wurde ihre unterschiedliche Höhenlage entdeckt, die im 19. Jahrhundert verloren ging. Die Fensteröffnungen und der Dekor darüber stammen aus dem 15. Jahrhundert. Der obere Teil des Gebäudes wurde in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts vollständig umgebaut, was sich im Dekor des Tambours widerspiegelt.

Heute ist die Kathedrale in ein Museum umgewandelt und hat ihre gottesdienstlichen Funktionen verloren. Sie beherbergt eine heimatkundliche Ausstellung, aber ihre konstruktiven Merkmale, die während der Restaurierung sichtbar wurden, bleiben erkennbar. Zum Beispiel sind die östlichen Säulen mit wechselndem Querschnitt, unten rund und oben quadratisch, die seit dem 15. Jahrhundert erhalten sind, von Interesse. Im 15. und 17. Jahrhundert wurde die Kathedrale bemalt, aber bis heute sind nur kleine Fragmente der Fresken erhalten geblieben, die vom Können der alten Künstler zeugen. Diese befinden sich an den östlichen Säulen, die zuvor vom Ikonostase verborgen waren, und in schwer zugänglichen Bereichen der Wände sowie an der Westwand und in den Nischen-Archonsole.