Im Jahr 1961 organisierte Viktor Petrowitsch Jerschow, Geographie-Lehrer an der Medweschjegorsker Internatsschule Nr. 4, mit seinen Schülern Heimatkundewanderungen in der Umgebung. Infolge dieser Wanderungen wurden zahlreiche Funde gesammelt, die die ersten Exponate des Schulmuseums wurden. Am 7. April 1962 wurde auf der Basis dieser Internatsschule das Medweschjegorsker historische Heimatmuseum eröffnet, das ursprünglich genau diesen Namen trug.

Im ersten Jahr besuchten über tausend Menschen das Museum. Der Leiter des Museums wurde Viktor Petrowitsch Jerschow, der zusammen mit seinen Schülern weiterhin Wanderungen organisierte und neue Exponate für die Sammlung sammelte.

Im Jahr 1969 wurde das Schulmuseum auf Beschluss des Ministerrats der Karelischen ASSR in eine Filiale des Staatlichen historischen, architektonischen und ethnografischen Museums-Reservats „Kischi“ umgewandelt. 1977 änderte es erneut seinen Status und wurde eine Filiale des Karelischen Staatlichen Heimatmuseums. Seit 1991 hat das Museum die Selbstständigkeit erlangt und trägt den Namen „Stadtmuseum Medweschjegorsk“.