Das Kloster wurde an der Quelle der heiligen Kosmas und Damian gegründet, die seit jeher als heilend galt. Kranke wurden unabhängig von ihrem Glauben dorthin gebracht, obwohl es in der Nähe keine Gebäude für Pilger oder Gottesdienste gab. Dennoch kamen bis zum 1. Juli, dem Gedenktag der heiligen Kosmas und Damian, jährlich viele Menschen aus ganz Krim hierher. Eingeladene Priester segneten das Wasser und hielten Gebete ab. In den 1820er Jahren finanzierte Gräfin Sophia Potocka den Bau einer Scheune für die Pilger an der Quelle.

Am 4. Mai 1850 informierte der Heilige Synod den Erzbischof Innocentius über die höchste Genehmigung zur Eröffnung der Koinonie an der Quelle der heiligen Kosmas und Damian. Am 19. März 1851 wurde die Genehmigung zur Bereitstellung von Land für die Gründung der Kosmodamiansker Koinonie erteilt. Die Eröffnung der Koinonie verzögerte sich jedoch aufgrund des Russisch-Türkischen Krieges von 1853 und der Landung der anglo-französischen Truppen auf der Krim im Jahr 1854. Nach dem Ende des Krimkriegs im Jahr 1856 wurde der Mönch Makarius aus dem Uspenski-Kloster in Bachtschissarai entsandt, der später Abt wurde. Er begann zusammen mit dem Mönch Ignatius mit dem Bau einer kleinen Holzkirche.

Im Jahr 1869 wurde mit Mitteln von Spendern eine neue große Holzkirche mit einem Eisen-Dach gebaut. Sie hatte eine kreuzförmige Form und stand auf einem steinernen Fundament. Die Kirche war kalt, mit einem zweigeschossigen Ikonostase. Am 20. Juni 1870 wurde sie im Namen der heiligen Kosmas und Damian geweiht. Die kleine Kirche wurde abgerissen, und an ihrer Stelle wurde eine hölzerne Kapelle über der Quelle errichtet. Daneben wurde ein Bad eingerichtet, das in einen Männer- und einen Frauenbereich unterteilt war.

Im Jahr 1874 wurde die zweite Klosterkirche im Namen der Verklärung des Herrn erbaut. Sie war aus Holz, warm, mit einem zweigeschossigen Ikonostase. Beide Kirchen waren mit Utensilien ausgestattet.

Vom 14. bis 18. Oktober 1880 besuchte die zukünftige Kaiserin Maria Fjodorowna zusammen mit dem zukünftigen Kaiser Alexander III. die Koinonie.

Im Jahr 1891 wurde anstelle der baufälligen hölzernen Kapelle über der Quelle eine neue, steinerne bis zu den Fensterrahmen und darüber hinaus eine hölzerne errichtet. Sie war schön und bequem für den Gottesdienst und stellte ein kleines achteckiges Gebäude mit einer Kuppel und einem Kreuz dar. Aus dem Boden strömte schnell eine Wasserquelle, die in einer steinernen Säule eingeschlossen war. Das Wasser floss in ein großes hölzernes Becken des Bades.

Im Jahr 1897 wurde das hölzerne Bad umgebaut und erhielt ein neues Eisen-Dach. Der Raum des Bades und das Becken wurden in einen Männer- und einen Frauenbereich unterteilt. Das Wasser im Becken war immer kalt, 6-7 °C, aber viele Pilger badeten trotzdem darin.

Am 1. August 1899 wurde die Umwandlung der männlichen Koinonie in ein weibliches Kloster bekannt gegeben.

Während des Ersten Weltkriegs halfen die Nonnen an der Front. Das Kloster, das sich in einer abgelegenen Ecke der Krim befand, erlebte keine ernsthaften Erschütterungen. Nach der Errichtung der Sowjetmacht wurden das Eigentum und die Ländereien des Klosters nationalisiert. Im Jahr 1923 wurde das Kloster geschlossen, und auf seinem Gelände wurde eine Kolonie für Invaliden eingerichtet, die bis 1924 bestand. Die Kirchen wurden geschlossen und dem Krim-Naturschutzgebiet übergeben, die Glocken wurden abgenommen. Im ehemaligen Tempel wurde ein Naturmuseum eröffnet, im Verklärungskirche ein Klub des Naturschutzgebiets, und in der Kapelle mit dem Bad wurde ein Brutkasten für Forellenbrut eingerichtet. Andere Gebäude wurden als Labore genutzt.

Mit dem Beginn des Großen Vaterländischen Krieges wurden die Arbeiten der Mitarbeiter des Naturschutzgebiets eingestellt. Vor dem Eintreffen der deutsch-rumänischen Truppen konnten sich einige Mitarbeiter evakuieren. Deutsche Truppen durchquerten die Verwaltung des Naturschutzgebiets am 6. November 1941. Um den Partisanen den Unterschlupf zu entziehen, beschlossen die deutsch-rumänischen Behörden, alle Gebäude auf dem Gebiet des Naturschutzgebiets zu zerstören. Im November und Dezember wurden Kasernen, Ställe, Lagerhäuser, Klubs, Museen und andere Gebäude verbrannt sowie die wissenschaftliche Bibliothek geplündert.