Laut den ersten schriftlichen Zeugenaussagen war die Bogojevlenki-Kirche bis 1710 aus Holz und hatte zwei Altäre. Sie stand etwa 30 Jahre, brannte jedoch 1729 nieder. Bereits 1731 wurde die Kirche wiederhergestellt. Die Bogojevlenki-Kirche befand sich neben den Kirchen von Flora und Lavra sowie dem heiligen Märtyrer Blasius.

Der Bau der steinernen Kirche der Erscheinung des Herrn, die die hölzerne ersetzte, begann am 15. Mai 1805 und dauerte ein Jahr. Es war ein zweigeschossiges Gebäude mit einer Kuppel und fünf Kuppeln auf hölzernen, facettierten Tambouren, 32 Meter hoch. Der Hauptaltar wurde im Namen der Erscheinung des Herrn geweiht, und der Altar im zweiten Stock im Namen der Heiligen Dreifaltigkeit. Auf der Westseite war ein Speisesaal angebaut, der im Winter mit Öfen beheizt wurde, mit zwei Altären: links vom Eingang zu Ehren des Heiligen Nikolaus von Myra, rechts des heiligen großen Märtyrers Georg.

Die Kirche wurde während eines Gewitters im Jahr 1841 stark beschädigt, danach wurde sie repariert und die Altäre neu geweiht. Der Glockenturm, der 1834 erbaut wurde, begann bald zu verfallen. 1895 beschloss der Architekt Remer aus der Wologda-Gouvernement, ihn bis auf die Grundmauern abzureißen. Am 12. Oktober 1897 begann der Bau eines neuen Glockenturms, der 1904 abgeschlossen wurde. Seine Höhe betrug 52,5 Meter.

Von 1904 bis 1914 wurden Arbeiten zur Erweiterung und Gestaltung der zweigeschossigen Kirche durchgeführt: Die Gewölbe wurden neu verlegt, die Höhe der Wände des Speisesaals und der Hauptkirche erhöht, das zweite Geschoss der Sommerkirche wurde aufgehoben, um das Volumen der Kirche zu vergrößern und ein zweites Licht in Form von runden Fenstern unter den Kreuzgewölben zu schaffen. So erhielt die Kirche ihr modernes Aussehen.

In der Sowjetzeit verfiel die Kirche und wurde zerstört. 1922 fand in Pezhma eine Kampagne zur Beschlagnahme von Kirchenwerten statt, viele Priester wurden verfolgt. 1937 wurde die Kirche auf Beschluss des Präsidiums geschlossen. Die Glocken und das Kreuz vom Glockenturm wurden abgeworfen, und das Eigentum wurde abtransportiert. Das Kirchengebäude wurde als Getreidespeicher und Lager genutzt, das Gelände des Friedhofs als Parkplatz. Auf der Nordseite wurden zwei zweigeschossige Häuser gebaut, und auf der Südseite wurde nach einem Brand, der die Flora-Lavra-Kirche zerstörte, eine Straße zur Brücke über den Fluss Pezhma angelegt.

In den 1990er Jahren wurde ein Restaurierungsprojekt für die Bogojevlenki-Kirche entwickelt, die Innenräume wurden gereinigt, Berge von Müll, Metall und jahrzehntelangen Schmutzablagerungen wurden abtransportiert. Es fanden Dutzende von Treffen, Beratungen, Versammlungen und Reisen statt, aber es fehlte an Mitteln für die vollständige Wiederherstellung. Die umfassende Rekonstruktion begann erst im Juni 2009, und die erste Liturgie fand bereits einen Monat später statt.