Der jekaterinburgische Kaufmann Fjodor Alexejewitsch Michailow, der schwer erkrankt war, vermachte 1885 500 Rubel mit Zinsen über die Pfarrei der Jekaterinburger Kathedrale für den Bau einer Friedhofskirche auf dem Neuen Friedhof, bekannt als Michailowskij. Dies war sein erster Beitrag. Am 13. Oktober 1886 leistete er über die Stadtverordnetenversammlung einen zweiten Beitrag von 300 Rubel mit Zinsen, ebenfalls an die Pfarrei der Jekaterinburger Kathedrale für den Bau der Kirche am Friedhof. Da für den Bau der Kirche 12.000 Rubel benötigt wurden, war Michailows Beitrag erheblich und der erste. Daher wird die Kirche im Volk als Michailowskaja bezeichnet.

Die Kirche wurde am 8. Juni 1886 geweiht und am 17. Juni 1900 von dem Hochwürdigen Polykarp, dem Bischof von Jekaterinburg und Irbit, eingeweiht.

Der Bau wurde ausschließlich mit Mitteln der Kaufleute Jakow Prochorowitsch Andrejew, Konuchow, Alexander Alexejewitsch Wolkow und anderer durchgeführt. Sie wählten einen Ort für die ewige Ruhe in der Nähe der Kirche. Kaufmann Michailow starb Ende 1886. Sein Haus ist erhalten geblieben, obwohl stark umgebaut, und wurde nach seinem Tod von dem Juristen Magnitzki gekauft. Das Haus befindet sich in der Kolobowskaja Straße, heute Tolmatschewa Straße, N21.

Im Jahr 1918 wurde die Allerheiligenskirche stark durch ein Feuer beschädigt, und die Reparatur dauerte zwei Jahre. In dieser Zeit erhielt das Gebäude interessante Wandmalereien, die unter der Leitung von P.M. Wassnezow nach Vorlagen angefertigt wurden.

Nach der Spaltung der Kirchen im Jahr 1922 wurde die Michailowskaja Kirche der "erneuernden" Gemeinde übergeben und wurde für einige Zeit zur Kathedrale der Erneuerer. In den folgenden Jahrzehnten wurde der Tempel zweimal geschlossen, seine Ausstattung und Malereien wurden geplündert. Von 1965 an befand sich dort lange Zeit ein Blumengeschäft des Bestattungsdienstes, und der Altar wurde entweiht.

Die Michailowskaja Kirche wurde Ende 1989 nach einem zweijährigen Kampf der Kirchengemeinde mit den Behörden den Gläubigen zurückgegeben. Im November 1990 wurde der Altar im Namen Allerheiligen von Erzbischof Melchisedek geweiht. Seitdem ist Protopresbyter Wladimir Pommer der Pfarrer. Dank seiner Arbeit und den Bemühungen der Gemeinde wird der Tempel instand gehalten, ein Taufraum, ein spirituelles Zentrum und eine Kapelle wurden gebaut.