Der Tempel befindet sich auf dem Gelände des Vororts des Heiligen Dreifaltigkeits-Sarow-Diveevo-Klosters in Nischni Nowgorod, das 1997 eröffnet wurde.

Der Bereich des Kreuzerhöhungsplatzes, heute bekannt als Lyadov-Platz und Polevaya-Straße, die moderne Gorki-Straße, begann ab der Mitte des 19. Jahrhunderts aktiv zu wachsen. Die Bewohner des neuen Stadtteils baten die geistlichen Behörden eindringlich, in dieser Gegend eine Kirche zu bauen, da die nächstgelegene Pokrowskaja-Kirche aufgrund tiefer Schluchten und reißender Ströme in der Frühlings- und Herbstzeit schwer zugänglich war.

Bischof Jeremia unterstützte den Wunsch der Gläubigen und wandte sich an den Militärgouverneur F. V. Annenkov mit der Bitte, einen Ort für den Bau der neuen Kirche zu bestimmen. Es wurde die Kreuzung der Kanatnaya- und der Deutschen Straße ausgewählt. Seine Exzellenz bestimmte auch die Weihe der zukünftigen Kirche: „damit das Gebiet und die Kirche dem Namen der hier gefeierten Ersten Moskauer Heiligen, den Bewahrern der apostolischen Überlieferungen, den Lehrern des orthodoxen Glaubens und den Beschützern unseres Vaterlandes Peter, Alexius und Jonah, geweiht werden.“

Der Architekt der Kirche war N. I. Uzhumetsky-Gricevich, und im April 1859 begann der Bau der Fundamente. Im folgenden Jahr war die Steinkirche vollständig errichtet. Der Boden war mit weißem Stein ausgelegt, drei geschnitzte Ikonostasen wurden installiert, die Gewölbe waren mit Fresken geschmückt und die Wände waren mit Leinwänden mit Darstellungen von Heiligen bedeckt. Sieben Glocken im Glockenturm der Kirche erfreuten die Bewohner von Nischni Nowgorod mit ihrem Geläut.

Bis Ende 1860 wurde dem Synod mitgeteilt, dass die Steinkirche der Dreiholy in Nischni Nowgorod „in allen Teilen fest, elegant und sauber“ errichtet wurde.

Am 1. Dezember 1860 weihte der Bischof von Nischni Nowgorod, Nektarius, den Hauptaltar der Kirche zu Ehren von Peter, Alexius und Jonah, den Moskauer Wundertätern. Am 14. Dezember wurde der rechte Seitenaltar zu Ehren des Apostels Jason und des Wundertäters Nikolaus geweiht, und am 16. Dezember der linke Seitenaltar zu Ehren des Evangelisten Lukas.

Im 20. Jahrhundert teilte die Dreiholy-Kirche das Schicksal vieler Kirchen Russlands. Nach der Revolution von 1917 wurde der Tempel verwüstet und im Gebetsraum wurde ein Wohnheim eingerichtet. 1998 begann die Restaurierung der Kirche mit Mitteln des Heiligen Dreifaltigkeits-Sarow-Diveevo-Klosters.

Am 11. Juni 2004 weihte der Bischof von Nischni Nowgorod und Arzamas, Georgiy, den Hauptaltar im Namen der Heiligen Peter, Alexius, Jonah, Philipp und Ermogena, der Moskauer und aller Russlands Wundertäter, deren Gedenktag am 18. Oktober gefeiert wird.