Der Bau der Kirche begann im Jahr 1620, unmittelbar nach den verheerenden polnisch-litauischen und schwedischen Invasionen. Die Peter-Pauls-Kirche wurde zur ersten in der prioneschischen Schule der Zeltdachkirchen, während die Uspenski-Kirche in Kondopoga als Höhepunkt dieses architektonischen Stils gilt. Die frühesten Erwähnungen des Baus der Kirche auf der Insel Lychny finden sich im Pisztsowaja-Buch, das 1583 von Andrei Plescheev erstellt wurde.

Im Laufe der vielen Jahre hat die Kirche von Peter und Paul zahlreiche Veränderungen erfahren. So wurde beispielsweise der Zeltdach-Glockenturm, der an die Sakristei auf der Westseite angrenzte, entfernt, die Fenster wurden vergrößert, beide Eingänge umgebaut und die Höhe des Zeltdaches erhöht. Diese Veränderungen fanden schon vor langer Zeit statt, aber auch im 21. Jahrhundert wurde die Peter-Pauls-Kirche verändert. Die ZAO „Lad“, eine Projektorganisation, entwickelte auf Initiative des Föderalen Kultur- und Kinobüros ein Restaurierungsprojekt für die Kirche, und Restauratoren der Firma „Exiton“ hauchten dem Gotteshaus buchstäblich neues Leben ein. Von 2002 bis 2004 wurden Arbeiten zur Erneuerung der verrotteten Balken an der Südost- und Nordseite des Gebäudes durchgeführt. Die Kirchenböden und die Böden in der Sakristei wurden nivelliert, mehrere Balken im Achteck der Kirche wurden ersetzt, das Eingangsportal und das Dach wurden restauriert, und eine neue Kuppel wurde installiert. Infolge der Restaurierung erhielt die Peter-Pauls-Kirche ihr historisches Aussehen zurück.

Der architektonische Stil der Kirche erinnert an die von Kondopoga, die ebenfalls ein Achteck auf einem Quadrat hat, wobei die obere Ebene etwas breiter ist als die untere. Ein frontaler Zierstreifen ist ebenfalls vorhanden, verläuft jedoch über dem Quadrat, während er in Eleganz und Schönheit der kondopogischen Kirche unterlegen ist. Die Peter-Pauls-Kirche wirkt etwas gedrungen und unverhältnismäßig, da der Altaranbau sehr klein ist und der Speisesaal massiv und weitläufig erscheint.

Eines der schönsten Details der Peter-Pauls-Kirche ist das Eingangsportal, das aus drei Teilen besteht: einer Treppe, einer unteren und einer oberen Plattform. Die obere Plattform stützt sich auf Wandbalken als Konsolen. Verzierende Säulen tragen das Dach des Eingangs und dienen als eine Art figürlicher Rahmen, der typisch für die karélische Landschaft ist, die man von der oberen Plattform der Treppe genießen kann.

Das Innere der Kirche unterscheidet sich erheblich von dem der kondopogischen Kirche und wirkt viel bescheidener. Die Innenverzierungen sind schlecht erhalten, und einige Ikonen sind stark beschädigt.