In der Mitte des 19. Jahrhunderts galt das Kosmin-Kloster als eines der ärmsten Klöster Russlands, weshalb die Einheimischen es "Mönchskloster" nannten. Im 15. und 16. Jahrhundert waren die Kirchen und anderen Gebäude aus Holz, verfallten schnell und wurden mehrfach umgebaut. Der Steinbau begann erst in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts.

Die Tor-Kirche des Heiligen Nikolaus bildete den Hauptzugang im Norden des Klosters von der Seite des Dorfes. Später wurde die Nikolauskirche mit dem Gebäude der Brüderzellen und dem Speisesaal der Kirche des Ungeschaffenen Bildes des Heilands verbunden, was einen einheitlichen und praktischen Komplex für Gebet und Arbeit schuf, der zunächst von einer Holz- und später von einer Ziegelmauer umgeben war. Die Bauarbeiten wurden im 19. Jahrhundert wieder aufgenommen. 1832, im Zusammenhang mit der Heiligsprechung des Heiligen Mitrophan von Woronesch, wurde ein Altar zu seinem Namen über dem Speisesaal der Kirche des Ungeschaffenen Bildes eingerichtet. Im südlichen Teil des Hauptaltares der Uspenski-Kirche wurde der Altar im Namen des Gründers des Klosters, des Heiligen Kosmas von Jachren, wiederhergestellt. Über dem Gebäude der Abt- und Brüderzellen wurde ein zweiter Stock aufgesetzt, und die Nikolauskirche wurde umgebaut.

Das Kloster wurde 1923 geschlossen. Der Komplex wurde den Bedürfnissen der neuen Macht angepasst, das "Besitz" wurde verstaatlicht und dem Wladimir-Gubmuseum übergeben, das alle wertvollen Gegenstände abtransportierte. Nach der Gründung des Nebyloje-Bezirks im Jahr 1935 wurden im Kloster verschiedene Organisationen untergebracht. In der Nikolauskirche befanden sich die Staatsbank, eine Sparkasse, eine Polizeistation und eine Untersuchungshaft.

Im Jahr 1992 wurde die Nikolauskirche des Kosmin-Klosters, nach teilweise abgeschlossener Restaurierung, als erste an die Russische Orthodoxe Kirche übergeben. Auf der Kirche war noch kein Haupt mit Kreuz, und in anderen Gebäuden des Klosters waren die Nebyloje-Kinder-Musikschule und die Bibliothek untergebracht.

Das Mönchsleben im Kosmin-Kloster wurde 1994 unter dem Hieromönch Alexander wieder aufgenommen, als das Kloster zur Filiale des Wladimirer Gottesmutter-Geburtsklosters wurde. 1995 erhielt es den Status eines Klosters, der durch einen Beschluss des Heiligen Synods vom 27. Dezember 1996 bestätigt wurde. Im November desselben Jahres wurde der gesamte Klosterkomplex an das Wladimirer Bistum zurückgegeben.